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蒙古绵羊是肉质优良的地方良种,由于内蒙古地区特殊地理气候环境限制,其繁殖性能普遍偏低。利用体外受精和体细胞克隆技术生产胚胎,可以有效保存并扩大优质绵羊种质资源,缩短遗传育种周期。然而,现有技术生产出的体外胚胎不仅普遍发育率低,而且存在明显的发育阻滞。为了深入探讨体外受精和克隆胚胎发育潜能差的机理,我们首先选择了不同来源绵羊早期胚胎发育的三个阶段,利用Smart-seqV4体系对绵羊的三种不同来源的2-细胞、4-细胞、-8细胞时期单个胚胎的mRNA进行了提取和反转录。其次,成功建立了 cDNA文库,并用IlluminaHiSeqX1O高通量测序系统完成了对上述胚胎转录组的测序和建库工作。最后,分析了不同来源胚胎的基因表达差异。得到如下结果:(1)成功利用单细胞RNA提取体系Smart-seq V4建立并扩增了不同来源的蒙古绵羊早期胚胎的cDNA文库,构建了转录组;(2)体内胚胎从2-细胞到4-细胞的发育阶段,共找到上调、下调的差异基因530个;4-细胞到8-细胞差异基因869个。体外受精胚胎从2-细胞到4-细胞发育阶段,找到差异基因4550个;4-细胞到8-细胞差异基因4487个;体细胞克隆胚胎从2-细胞到4-细胞发育阶段,找到差异基因4600个,4-细胞到8-细胞差异基因5212 个;(3)通过GO富集分析发现,体内胚胎不同发育时期的差异基因表达主要表现在细胞代谢、核酸代谢、高分子代谢以及细胞组成的合成方面;同一发育时期的体细胞克隆胚胎、体外受精胚胎与体内胚胎的区别在于其差异基因表现在代谢进程、发育进程以及环状大分子代谢、氮代谢等分子功能;(4)通过KEGG分析,发现上述三种不同来源胚胎的差异基因表达主要分布在ATP结合盒式蛋白、氧化磷酸化、cAMP通路、细胞黏附、错配修复、Phagosome吞噬小体通路等细胞通路上。