近年来，随着我国城镇化和工业化进程加快，区域性和结构性污染愈加突出，日益严重的水环境安全问题逐渐凸显，特别是跨省界水体污染而引发公众高度关注的污染事件频繁发生，由于具有不确定性、严重破坏性、难以控制性和广泛影响性等特点，已经成为影响社会稳定的热点问题，由此引发的群体性纠纷，严重影响了社会稳定，威胁着人民群众的生产生活。因此，本文的研究是为了实现消除跨界水环境污染风险、缓解跨界水环境污染事件危害、合理处置跨界水污染事件赔偿，以最终避免社会纠纷冲突加剧，更好地加强各地环境风险监管防范与事故应急能力，实现流域内各行政区域的共赢和共享，构建和谐社会具有重要的现实意义。基于斯坦伯格动态博弈理论，辨识与定义决策过程中的博弈要素，以跨界上游和下游地区政府作为跨界水污染纠纷博弈的局中人，上下游地区的环境成本考虑了本地区的污染物削减成本和环境损害成本，通过选择污染物削减量和污染物转移量的优化方案，以治污成本最小化和收益最大化为原则，构建了跨界水污染纠纷协调模型。由于事故赔偿范围边界与规则没有统一标准，跨界上下游地区很难就赔偿金额达成一致，为了使上游事故方和下游受害方从非合作博弈形态转为合作博弈形态，引入第三方即仲裁者，遵循纳什均衡概念寻求要价均衡点，建立了最后要价仲裁模型和修正的最终要价仲裁模型，对上下游地区赔偿金额进行了讨价还价博弈过程分析，并对比分析了这两种仲裁方法。为了建立跨界水环境污染事件损害评估体系，首先基于环境污染损害的因果链条，构建了环境污染损害因果关系判定程序，对因果关系判定原则进行了分析，以此建立了判定原则和判定程序相结合的环境污染损害因果关系判定体系。根据损害范围的认定原则，结合我国的实际工作需求，提出了人身损害、财产损害、应急处置费用、调查评估费用、污染修复费用、事件影响损害和环境资源损害7个方面的水环境污染损害评估范围；在比较分析常用的环境经济价值评估方法基础上，确定了环境污染事件损害赔偿因子货币化的计算方法；并提出了跨界污染赔偿的“两步走”实施程序。针对我国跨界水环境污染事件协调难度较大的问题，提出了跨界水环境污染风险预防、跨界水环境污染决策与应急联动、跨界水环境污染事故赔偿和跨界信息共享与通报4方面的跨界水环境污染管理协调机制。在需求分析的基础上，采用因果反馈关系的系统动力学结构模型，对跨界水环境污染管理协调机制影响因子进行了系统分析。从区段控制、联合开发和联防联动3方面对跨界水环境污染风险预防机制进行分析；为了建立以跨界水环境污染事件决策与应急联动制度为核心的跨界污染事件响应制度，以跨界污染事件的及时发现、流域内联合决策、跨界各方事故处理以及善后处置4个方面为目标，从污染事件发现与定位、应急决策与联动和事后处置3个阶段进行跨界污染事件应急响应的需求分析，提出了跨界政府协商启动实施的应急方案、跨界政府联合综合决策方案和跨界政府应急联动与反馈方案。基于信息共享与通报的原则和思路，分析了跨界水环境监管信息共享内容，传递方式，建立了监管信息、应急信息和纠纷处理信息3方面的信息共享与通报制度。针对跨界水环境污染管理协调机制权利与责任内容的分析，提出了权利与责任对应体系，构建了跨界水环境污染综合协调机制运行脉络图，保障跨界协调机制的顺利运行。在跨界水环境污染损害评估方法及协调机制研究的基础上，描述了系统开发工具和开发环境，采用ARCSDE技术，构建了跨界突发性水污染事故地理空间数据库系统。集成系统工程和软件工程技术，采用Web应用程序，在B/S构架下开发了突发性水环境污染事件损害评估可视化平台；根据苏鲁两次跨省界砷污染事件的相关材料，对亿鑫化工企业跨界砷污染事件损害进行了统计分析，提取跨界污染事件协调处置关键节点的信息，对跨界污染事件的应急决策与联动程序进行了对比分析，研究提出了经过优化的协调机制。