浮游纤毛虫为单细胞真核生物，其体型微小，是一类分布广泛、营浮游生活的纤毛虫。浮游纤毛虫做为微型浮游动物的重要组成部分，连接微食物环与传统食物链，是物质、能量由微食物网向经典食物链传递的重要纽带。所以，浮游纤毛虫具有十分重要的生态学地位。目前，已开展的纤毛虫生态学研究主要依靠传统形态学手段，但该方法对技术要求高，且较难检测到稀有类群。近年来新兴的高通量测序技术，可全面检测环境群落，包括丰度极低种类，但该技术在纤毛虫生态学中尚少有应用，且分子与传统形态学手段比较研究尤为匮乏。福建省海岸线绵长，生态系统多样化程度高。本工作聚焦于研究较为匮乏的河口、近岸与远岸区域，以纤毛虫为研究对象，采用高通量测序与形态学相结合方法，研究纤毛虫对环境梯度（盐度梯度、深度梯度等）响应，给出纤毛虫在区域内的多样性与时空分布特征，并结合测量环境因子，解析纤毛虫群落变动的主控因子。本工作创新性强，填补该区域研究空白的同时，为今后相关领域研究与政策的制定提供科学依据。本工作结果如下:　　(1)九龙江河口浮游纤毛虫群落主要由旋毛纲(Spirotrichea)、寡膜纲(Oligohymenophorea)、前口纲(Prostomatea)、侧口纲(Litostomatea)和叶咽纲(Phyllopharyngea)组成，呈现显著的盐度、季节分布模式，并与河口温度、盐度、Chla、细菌、溶解态总氮、溶解态无机氮、硝氮、氨氮和溶解态活性磷显著相关。从平均值水平来看，自淡水端开始，浮游纤毛虫alpha多样性随着盐度的增加而降低，在中盐水域达到最低值之后，随着盐度的增加而增加，在河口外侧超盐水域达到最高值，符合经典Remane模式中的物种最小值概念。九龙江河口浮游纤毛虫丰度分布模式与该多样性分布模式一致，表现为中盐水域丰度最低，咸水端纤毛虫平均丰度大于淡水端平均丰度。　　(2)旋毛纲(Spirotrichea)和寡膜纲(Oligohymenophorea)纤毛虫是台湾海峡C断面纤毛虫群落的重要组分，其中旋毛纲纤毛虫是最优势类群。近岸和远岸浮游纤毛虫群落结构之间具有显著差异，呈现显著的地理分布模式。2013年台湾海峡C断面纤毛虫alpha多样性随水深的增加呈现单峰变化趋势，在DCM层达到最大值后再逐渐减小。2014年台湾海峡C断面浮游纤毛虫丰度随着水深的增加而增加，在DCM层达到最大值后，呈现逐渐减小的变化趋势。　　(3)基于分子与形态手段得到的结果，进行比较分析表明:在纲级的分类水平上，形态与分子方法得到的浮游纤毛虫群落结构相近;在属级的分类水平上，形态与分子结果具有较大的差异;在分析纤毛虫群落结构与环境因子的相关性方面，两种方法得到的结果一致。