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紫花苜蓿(Medicago sativa L.)是世界上最重要的豆科牧草之一。世界上许多国家对于紫花苜蓿的利用和栽培有着悠久的历史,但是对于较大范围的紫花苜蓿的群体结构还没有研究。紫花苜蓿的许多重要农艺性状如产量、品质等多为数量性状,是基因和环境共同作用的结果,而紫花首蓿具有异花授粉和四倍体的特性,使得对其在分子水平上的研究较为困难。基于分子标记研究现有紫花苜蓿品种群体遗传变化,可加快育种的进程。分析这些个体所组成群体的遗传多样性和群体结构可为分子育种提供信息,为实践提供理论基础。本研究选用85对覆盖紫花苜蓿全基因组的SSR分子标记,采用基于测序的基因型鉴定技术对来自30个国家75份材料的336个紫花苜蓿基因型构成的核心种质进行了检测,并对其遗传多样性及位点间连锁不平衡的状态进行分析。主要结果如下：1.85对SSR分子标记共检测到的等位基因为1075个,每个位点等位基因数的变异范围为4-40个,平均每个位点等位基因数为12.6个；基因多样性的变异范围为0.283～0.901,平均值为0.677;多态信息含量的变异范围为0.273～0.893,平均值为0.638,表明紫花苜蓿材料蕴含了比较丰富的遗传变化,显示了较高水平的基因多样性。试验所用85对SSR引物中有67对(占83.75%)为高多态位点的引物。2.基于混合模型的STRUCTURE分类结果显示,336个紫花苜蓿基因型分为两个群体,并进一步分为5个亚群体,即两个群体又可分别划分为2个和3个亚群体,群体的组成复杂,与来源地也不相符。整体来看,Pop A-1主要来自北美及欧洲,Pop A-2主要来自南美及非洲,而Pop A-3来自横跨亚欧大陆的土耳其,属于西亚地区。对于Pop B,其中亚群体Pop B-1主要来自中亚和东亚地区,而Pop B-2主要来自东亚的中国。其结果的复杂性说明了在长久的进化及选育的过程中,紫花苜蓿所包含的遗传多样性信息较高,其遗传背景较复杂。3.基于群体结构的遗传多样性分析显示：个体间的变化(94%)远远大于群体间(6%),这也说明了紫花苜蓿异花授粉且为四倍体遗传的复杂遗传特性。4.主成分分析和用邻位连接法所构建的系统发育树的分析显示：这两种分析结果与群体结构的分析相符合。与群体结构的结果一样,群体间有混杂的情况,即同一来源地的紫花苜蓿并没有严格划分到其原来的群体中。5.选取多态性较好的两条染色体分别进行分析,LD4X软件将染色体上的分子标记相互进行比较分析。结果均显示在各自的染色体上的其中任何两个标记都不显著。