地方鸡遗传资源的保护和开发利用是我国地方鸡发展的重要基础。湖北地方鸡是我国地方鸡的重要组成部分,具备适应性广、抗逆性强、耐粗饲、觅食能力强等优良特性。近年来,由于商业鸡品种的引进,地方鸡的遗传多样性和种质特性受到了一定的威胁;其次,在对湖北地方鸡保护的同时,湖北地方鸡拥有的优良基因,应当有效合理的对其进行开发利用,充分发挥湖北地方鸡宝贵的遗传资源的作用。得益于二代测序技术的普及,利用高密度的基因分型数据能对湖北地方鸡品种进行全面深入的遗传评估,并采取选择信号分析挖掘湖北地方鸡的优良遗传特性为保种及资源利用提供指导。本研究以5个湖北地方鸡品种的全基因组数据为基础,以中国其它地方鸡、来航鸡、洛克鸡和红色原鸡等11个品种（共计338个样本）为对照组,系统的对5个湖北地方鸡进行遗传多样性评估及重要经济性状选择信号鉴定,获得如下主要结果:（1）通过观测杂合度、期望杂合度、近交系数、连锁不平衡衰减程度、核苷酸多样性分析,发现五个湖北地方鸡品种具有较高的遗传多样性。（2）通过主成分分析、Admixture分析、系统进化树、基因流分析评估了五个湖北地方鸡的群体遗传结构,发现湖北地方鸡因地理分布相近,与其它地方鸡相比遗传背景也更相近;将其与红原鸡进行两两比较,受选择程度由大到小依次为郧阳大鸡、景阳鸡、江汉鸡、洪山鸡、双莲鸡。（3）通过Treemix分析、f3检验评估了湖北地方鸡与来航、洛克鸡的基因交流情况,发现双莲鸡与来航鸡间存在显著遗传交流;同时,评估湖北地方鸡有效群体大小由大到小依次为:江汉鸡,双莲鸡,景阳鸡,郧阳大鸡,洪山鸡。（4）通过Fst分析、XP-EHH分析挖掘湖北地方鸡的选择信号。挖掘到54个湖北地方鸡受选择过程中共同受到选择的基因,获得了5个与湖北地方鸡大体重性状相关的单倍型分子遗传标记,验证了湖北地方鸡黄羽性状单倍型与安卡红鸡受选择的羽色性状单倍型位受选择的不一致性。本课题以五个湖北地方鸡品种作为研究素材,系统评估了目前湖北地方鸡群体的遗传结构和进化历史,鉴定了多个湖北地方鸡体重性状,为湖北地方鸡的保种、开发利用等提供了理论依据。