高新技术企业领域是我国企业进行技术创新活动最为集中、最为活跃的地方。高新技术企业的发展，关系着国家能否转变经济发展方式，关系着能否调整产业结构，关系着能否顺利实现建设创新型国家的战略目标。而税收作为政府的一项重要政策工具，已经不仅仅局限于组织收入这一职能上，更多的是将其作为调整产业结构与影响宏观经济的政策工具，各国普遍都将其作为政府介入企业技术创新活动的主要激励工具。近年来,我国加大了税收激励政策对高新技术企业技术创新的力度，出台了一系列科技创新税收优惠政策，在此背景下，全面、客观、深入的评价税收激励政策的实施效果，系统讨论其作用机制以及可能的影响，对下一步政策部门制定公共政策具有重大意义。本文在回顾前人研究的基础上，通过理论分析与实证分析相结合的方法，基于比较分析的视角，从微观角度分析了税收激励对高新技术企业技术创新的影响效应。本文首先对税收激励与政府资助这两种政策工具对企业技术创新激励效果进行经济学分析，从理论上分析如何权衡选择两种政策工具，并构建技术创新税收激励的效应模型，分析不同税收激励方式对企业技术创新的影响路径。然后，从创新经费投入、人力资源投入、创新产出能力以及国际竞争力这四个方面对我国高新技术企业技术创新能力和水平进行现状分析，并对相关的科技创新税收政策做简要介绍和评述。在此基础上，通过筛选研究样本、搜集相关数据、利用STATA软件对理论分析进行实证检验。本文以中小板72家上市高新技术企业2007年—2010年四年的数据作为样本数据，主要从三个方面进行实证分析，一是以研发投入强度作为主要指标，分年度、分行业、分规模进行描述性统计分析；二是提出先验假设、建立模型、界定变量，比较分析税收激励与政府资助对企业技术创新的影响效应。三是在上面分析的基础上，比较分析流转税激励与所得税激励对企业技术创新的影响效应。最后得出分析结果:从分年度、分行业、分规模的描述性统计分析来看，税收激励对高新技术企业影响效果受金融危机宏观层面经济影响而没有完全显现；从回归分析可以得出，税收激励比政府资助政策工具更有效，所得税激励比流转税对企业技术创新的影响程度更大。在文章的最后一部分，指出现行技术创新税收激励政策存在的一些问题,并根据实证分析结果针对性的提出相关政策建议。