经过“八五”与“九五”时期建设，国家工程技术研究中心在取得卓著成绩的同时，其运行机制及运行的外部环境也出现了一些亟待解决的问题，这些问题制约了工程中心有效发挥其带动行业技术升级的外部性作用。本文基于利益博弈机制，从分析和界定国家工程技术研究中心理想运行目标入手，探讨工程中心当前运行机制的形成及其对工程中心运行行为及其绩效的影响，进而在实证研究的基础上，寻求国家工程中心行为及其绩效与理想目标体系之间差异的根源性原因，最终针对这一原因，提出国家工程技术研究中心发展政策目标和原则，从建设流程和外部支撑环境两方面提出政策建议。 事实上，国家工程中心的理想运行目标是由各利益相关主体的“内部运行”目标和对于行业发展的“正外部性”目标两大部分构成。国家工程中心在实现“内部运行”目标的同时应体现出在行业内的“正外部性”，而这一外部性的体现是与其技术特征和市场结构紧密相关的。本文就不同市场结构下，不同技术特征的国家工程中心的运行状况、工程中心的运行模式和工程中心的目标实现程度等问题进行了赋值分析，综合市场结构和技术特征两项因素，本文认为，在由技术特征和市场结构组成的二维影响区域内，影响国家工程技术研究中心运行绩效的因素是多方面的。运用制度经济学的研究方法，并通过实证样本的比较分析表明，当前工程中心的运行机制和模式是中心各利益相关主体利益博弈取得均衡后的路径选择，只有当国家工程中心所选择的运行机制和模式与自身技术特征及所处市场结构取得协调时，才能有效实现其“内部运行”和“正外部性”目标。针对国家工程技术研究中心运行绩效的根源性影响因素，结合工程中心理想运行目标体系，本文提出了国家工程技术研究中心发展的政策目标和政策原则，并构建了国家工程技术研究中心的发展政策框架。