小RNA近年来被发现能广泛参与细胞各个层面的调控，包括分化、发育、凋亡、增殖等。在高等多细胞真核生物中最重要的小RNA有三种:miRNA，内源siRNA和piRNA。在脊椎动物中，这三种小RNA在脊椎动物整个发育过程中都是重要的调控因子。虽然到目前为止已经发现了很多具有分化发育调控功能的小RNA，但还是有许多重要的分化发育过程的小RNA所扮演的角色还有待阐明，比如原肠胚发育过程。此外，目前对分化发育过程中小RNA的研究主要集中在多细胞真核生物中，对于单细胞真核生物分化过程中是否有小RNA参与还不清楚。　　 本研究选取了两个重要的分化发育研究体系来系统研究分化过程中小RNA所扮演的角色。第一个体系是鸡胚早期发育体系。鸡的发育过程与哺乳动物相类似，并且鸡胚在发育过程的可观察性和易操作性使其成为研究胚胎学和发育生物学研究的理想模式系。我们用大规模测序技术测X期鸡胚（原肠胚发育前）和HH10期鸡胚（原肠胚发育后）的小RNA转录组，发现鸡原肠胚发育过程中，小RNA转录组发生了巨大的变化，原肠胚发育前小RNA转录组主要由miRNA和piRNA组成，原肠胚发育后，小RNA转录组中的piRNA大幅减少，而miRNA的表达大幅上调。这说明在原肠胚发育过程中miRNA和piRNA可能起重要的调控作用。分析差异表达的miRNA，发现miRNA在这个过程中可能调控着一些重要的胚胎发育相关信号通路，如Wnt信号通路等。　　 本研究所选取的第二个体系是蓝氏贾第编码虫（简称贾第虫）包囊分化体系。贾第虫是一种最原始的病原单细胞真核生物，它的细胞分化能在体外诱导完成，非常便于研究分化过程中细胞的生理生化变化。我们大规模测了贾第虫分化过程中的小RNA转录组。通过对贾第虫小RNA转录组的系统分析以及后续的实验验证，我们在贾第虫中首次鉴定到了2种内源siRNA和6种tRNA来源小RNA。2种内源siRNA分别来自贾第虫端粒区转座子和基因组中的三个小RNA编码区。我们发现所有我们鉴定到的小RNA在贾第虫分化过程中都是上调的，这说明这些小RNA可能参与贾第虫的分化过程的调控。通过对内源siRNA产生所必须的蛋白Dicer的沉默，我们发现贾第虫的分化能力受到削弱，这证明了内源siRNA确实可能参与了贾第虫的分化过程调控。　　 本研究首次系统地研究了两个重要分化过程中的小RNA种类，表达变化情况及可能的功能，一方面完善了鸡和贾第虫这两种重要模式生物中的小RNA基因的注释，另一方面本研究也能帮助更好地理解小RNA在分化过程中扮演的重要角色。