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由大丽轮枝菌（Verticillium dahliae Kleb.）引起的黄萎病是棉花的主要病害,严重影响棉花的生产,目前生物防治被认为是一种最具有发展潜力的有效防治方法。RS-25菌株是从棉花根际土壤中分离到的一株产抗菌蛋白对大丽轮枝菌（Verticillium dahliae）有拮抗活性并具有较广抗菌谱的细菌。它所分泌的抗菌蛋白对立枯丝核菌（Rhizoctonia solani）、尖孢镰孢菌（Fusarium oxysporum）、串珠镰孢菌（Fusarium moniliforme）、茁芽短梗霉（Aureobasidium pullulans）等都具有较高的拮抗活性。通过生理生化反应及16S rDNA基因序列分析对RS-25菌株进行了鉴定。生理生化反应显示RS-25菌株大部分特征与解淀粉芽孢杆菌相似。将16S rDNA序列在NCBI网站中进行同源性比较,利用Neighbor-Joining法绘制系统发育树,结果显示RS-25菌株的16S rDNA序列和数据库中的AB325583菌株解淀粉芽孢杆菌的序列同源性达到99.62%。所以,结合生理生化反应及16S rDNA基因序列分析确定RS-25菌株为解淀粉芽孢杆菌（Bacillus amyloliquefaciens）。为了提高B.amyloliquefaciens RS-25菌株发酵产抗菌蛋白量,对B.amyloliquefaciens RS-25菌株发酵培养基所需的碳源、氮源、无机盐进行了筛选,并采用正交试验法,对培养基的组成以及发酵条件进行了优化,最终确定最适发酵培养基为:蔗糖2.0%,胰蛋白胨1.0%,KH2PO4 0.20%,CaCl2.2H2O 0.005%,MgSO4.7H2O0.005%。最适发酵条件为:培养基初始pH 7.5,接种量4%,种龄10 h,培养基装液量30 mL/250 mL,于28℃,180 r·min-1摇床振荡培养48 h。经过发酵优化抑菌圈直径增加了25.4%。B.amyloliquefaciens RS-25菌株分泌的抗菌蛋白经DEAE Sepharose Fast Flow阴离子交换层析和反相层析后,分离纯化到单抗菌多肽A2,经SDS-PAGE检测分子量约为9 kDa。抗菌多肽A2对热稳定;对蛋白酶不敏感;pH活性范围较宽,在pH 6～8范围内抑菌活性最强,在碱性条件下稳定,在强酸性条件下抑菌活性消失。抗菌多肽A2含有糖基,含糖量为1.81%。经EDMAN降解法对抗菌多肽A2的N端15个氨基酸残基序列进行测定,结果显示为H2N-Ala-Ser-Gly-Gly-Thr-Val-Gly-Ile-Tyr-Gly-Ala-Asn-Met-Arg-Ser。以此为靶序列在NCBI网站中用BlastP程序对蛋白质序列数据库进行了类似性检索,发现其与来源于Bacillus amyloliquefaciens FZB42所报道的蛋白质序列的42～56位置的氨基酸残基序列100%同源。抗菌多肽A2的部分序列测定为抗菌蛋白基因克隆奠定了基础同时为棉花黄萎病抗病基因工程提供了潜在的应用价值。