随着2008年美国的次贷危机爆发以来,各国为了刺激经济增长纷纷出台了一系列的政策。我国实施了积极财政政策和适度宽松的货币政策,政府加大了对基础设施建设的投资力度,以刺激经济的增长,政府投资项目的审计工作为此倍增。传统的事后竣工决算审计模式由于其时滞性等一系列的缺点已经不能保证政府投资项目建设过程中建设资金的使用安全与问题的警示,建设项目跟踪审计适时而生。由于其政府投资项目的产品公共性、非营利性以及受公众关注度较高的特性,如何有效提高政府投资项目跟踪审计的审计质量,保证审计目标的实现,成了建设项目跟踪审计的重点。本文以建设项目的生命周期进行划分,从政府投资项目跟踪审计的重点内容入手,分为政府投资项目前期准备阶段跟踪审计重点、施工阶段跟踪审计重点、竣工决算阶段跟踪审计重点与后评价阶段跟踪审计重点。在对政府投资项目跟踪审计重点内容总结的基础上,分析执行整个审计重点的过程中可能存在的审计环境风险、审计主体风险与审计客体风险,又将每个大的风险因素进行细分,得出一系列可能存在于政府投资项目跟踪审计过程中的风险因素。然后以审计组织为对象,借鉴企业运行机制理论,得出能有效控制审计风险,保证审计质量,达到审计目标的政府投资项目跟踪审计风险控制机制。企业运行机制是经济理论界发展相对成熟的一种理论,它不是一种机制,而是由多种机制相互作用的机制体系,主要包括决策机制、信息机制、激励机制、约束机制与发展机制。根据企业运行机制的内容,我们建立并完善了政府投资项目跟踪审计风险控制机制：健全独立的决策机制；完善灵活的信息机制；建立有效的激励机制；建立有力的约束机制与建立有推动力的发展机制。并通过案例分析,理论结合实践,指出了当前实践中政府投资项目跟踪审计风险控制机制的不足并提出了相应的建议,对提高政府投资项目跟踪审计的审计质量,保障政府投资资金的使用安全以及审计目标的实现方面具有重要意义。