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栽培胡萝卜（Daucus carota L.var.sativus Hoffm,2n=2x=18）是具有重要营养价值与经济价值的两年生蔬菜作物,其肉质根是主要商品器官。由于胡萝卜肉质根膨大过程受到众多环境因素以及基因型影响,相关农艺性状遗传研究极为缓慢。构建高密度遗传图谱,筛选性状紧密连锁的分子标记,被认为是实现作物育种最为有效的辅助手段。本文以胡萝卜回交重组自交系为素材,基于基因组数据,采用重测序技术构建高密度遗传图谱,对胡萝卜肉质根相关农艺性状进行QTL定位。1.以野生胡萝卜种‘松滋野生’（Ws）和欧洲橘色栽培品种‘Amsterdam’（Af）为亲本构建的223个回交重组自交系（BILs,BC2S6）为试材,深入分析Ws染色体片段在后代中的遗传表现。通过对12个农艺性状的两年重复调查,结果表明最大叶长、根长、根质量、根肩宽、单株质量、根中宽/根长等在两年间均符合标准正态分布,其他性状为偏正态分布。2014年和2015年前4个主成分累积贡献率分别达到80.36%和83.28%。相关性分析结果表明,根质量和单株质量均与其他性状呈极显著或显著相关;而干物质含量除了与叶片质量/根质量呈极显著正相关外,与根质量、根肩宽、根中宽、根尖宽、单株质量、根中宽/根长均呈极显著或显著负相关。2.从223个回交重组自交系中随机挑选110个株系进行重测序。亲本Af和Ws分别测得5.6Gbp的clean碱基,110个回交重组自交系测得总数据量为77.51 Gbp样品。通过GATK检测共得到3,223,700个SNPs。亲本基因型在群体株系间所占的基因型覆盖率存在明显差异,亲本Af基因型覆盖率为76.37%99.36%,Ws基因型覆盖率为0.64%23.63%,表明Ws染色体被随机导入到了Af中。采用Join map 4.0软件构建了一张9个连锁群的遗传图谱,总长度1436.433 cM,平均图距0.709 cM,包含有2027个Bin标记、154,776个SNPs。3.基于上述高密度遗传图谱,采用CIM法95%的置信区间对15个农艺性状进行QTL定位。两年调查的性状均检测到21个QTL位点,其中根长、根肩宽、根肩宽/根中宽在两年间检测到了重叠QTL位点,分别为1、1、2个,贡献率分别为33.73%、39.12%、66.92%与66.92%。同时,共找到21个具有功能注释的预测基因。其中,LOC108219060为叶绿体和淀粉体的葡萄糖-1-磷酸腺苷转移酶小亚基,与干物质含量DMC4-1相关。LOC108209579为调控根部生长素极性运输相关的基因,与根肩宽/根中宽RSW/RMW2-2、根中宽/根尖宽RMW/RTW2-2相关。LOC108195860能促进侧根生长,与根中宽/根尖宽RMW/RTW7-1相关。