当前,我国环保案件行政执法与刑事司法衔接机制的运行过程中还存在许多的问题。笔者通过对环保案件行刑衔接机制在我国立法政策层面和实践层面的现状进行考察,发现存在的主要问题有:以罚代刑不移交刑事案件现象普遍;环境地方保护主义严重;对涉嫌环境职务违法和犯罪的人员惩治不力;环境行政执法机关的机构设置和领导体制不合理;环境行政执法人员的综合素质有待提高;公安机关对环境违法犯罪行为处理不规范;检察机关的监督职能未能有效发挥;行政证据和刑事证据的衔接困难;衔接主体之间的信息共享不全面等。上述问题产生的原因包括现有法律规范不健全;环保案件行刑衔接主体的利益不一致;环保案件办理过程中的外部监督不力和环保案件自身特征方面的原因。通过分析环保案件行政执法与刑事司法衔接的现有理论及依据,并借鉴域外国家的相关经验,得出需要从以下几个方面进行改进的结论:应该扩大衔接机制的主体范围,将审判机关和纪检监察机关纳入环保案件行刑衔接的考虑范围;立法机关应制定一部全面、系统、标准化的规定衔接内容和程序的法律;要特别注重信息共享机制、证据衔接机制、责任追究机制和公众参与机制的建设;要通过机构改革和垂直管理制度改革工作来优化环境行政执法机构的组织架构;要激活立法机关的监督,强化检察机关的法律监督,加快纪检监察机关的监督,细化环境行政机关的内部监督,鼓励社会和舆论监督。文章的创新之处在于增加纪检监察机关和审判机关作为行刑衔接的主体;强调应该分阶段推行环境行政执法机关的准司法化与环保警察制度,以增强环境行政执法的力度和成效;主张建立环境行政执法机关与其他衔接主体的办案系统相互整合连接的环境违法信息共享平台;强化法律实施的执法检查和质询、询问等手段的应用,鼓励社会和舆论监督,在环保案件行刑衔接工作中引入环保组织等第三方监督机制。