非政府组织在WTO体制中的角色问题是当今世界发展进程中的一个非常重大的主题。它集中体现在非政府组织参与WTO的决策以及非政府组织参与WTO的争端解决机制这两个问题上。目前，关于非政府组织是否应当参与WTO的决策的争论并没有休止。现行的WTO的有关法律文件也没有对非政府组织参与WTO的决策作出明确的规定。值得注意的是，非政府组织确实已经通过一定的途径影响了WTO的决策，如允许非政府组织出席部长级会议和参与小型的研讨会。不过这些参与形式仍然有待进一步的完善。与非政府组织参与WTO的决策相比，非政府组织参与WTO的争端解决机制的问题更为复杂。非政府组织不应被允许直接在争端解决机构提起诉讼。WTO的一些案例表明争端解决机制正在趋于开放。目前非政府组织参与争端解决的形式是以法庭之友的身份介入诉讼。不过这一参与机制本身也有待进一步的完善。部长级会议或总理事会应当制定法庭之友参与争端解决机制的具体规则。法庭之友陈述只应在专家组层面上被考虑，专家组接受和考虑法庭之友陈述应考虑程序标准和实体标准。WTO本身对于非政府组织参与争端解决机制的态度已经对其它一些区域性的争端解决机制产生了影响。鉴于非政府组织在WTO决策以及争端解决机制中的作用，我国应当努力建设和发展非政府组织部门，我国的非政府组织也应积极参与影响WTO的决策和争端解决。