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香猪是主产于贵州的地方猪种资源,也是世界上优秀的猪种资源之一,具有较高的营养价值和经济效益,广受关注。本文以香猪高产仔和低产仔群体为研究对象,利用Illumina HiSeq 2000转录组测序技术,比较两个群体发情期卵巢基因表达差异,选择与类固醇激素合成相关,且转录组测序结果差异显著的8个基因,采用qRT-PCR,BSP-PCR技术等方法,进行基因表达定量的验证。启动子结构差异和甲基化修饰表观遗传学研究;目的在于了解影响香猪类固醇激素合成基因表达差异的分子机制,以期对香猪进行合理开发和科学保护提供分子理论基础。通过研究获得了下列结果:1.从香猪卵巢组织cDNA文库中通过荧光定量PCR扩增出8个差异表达的基因,高、低产香猪卵巢8个基因的表达量存在差异表达,高产群体表达量显著高于低产群体,实时荧光定量PCR结果与转录组测序一致,1-3月卵巢8个基因的表达量逐渐增加。2.从香猪卵巢基因组中克隆差异表达基因的启动子区域,经生物信息学分析,存在TATA box,CAAT box,CG box,Octamer特征结构。SCARB1基因转录起始点上游1200 bp处有C/G多态性,LDLR基因转录起始点上游376 bp处存在G/T多态性,CYP11A1基因转录起始点上游69 bp处存在C/T多态性,CYP17A1基因转录起始点上游130 bp处存在T/C多态性,StAR基因转录起始点上游554 bp处存在A/G多态性、155 bp处存在C/T多态性,AKR1C1基因转录起始点上游261bp处存在T/C多态性,HSD3B1基因转录起始点上游300 bp处存在T/C多态性。以上这些SNP位点位于基因启动子转录起始关键位置,影响转录因子的结合,可能影响基因转录效率,可能是基因表达量差异的原因之一。3.高、低产香猪卵巢HSD3B1基因转录起始点上游78 bp处存在CpG2甲基化位点,该位点为转录起始的核心启动子CAAT box区域,CpG2位点的甲基化频率与表达量之间的相关系数为0.724,中等程度相关。检测到低产香猪甲基化频率高于高产香猪,可能影响基因转录效率,影响HSD3B1基因表达。综上所述,高、低产香猪卵巢类固醇激素合成7个基因的表达差异可能与基因启动子转录起始关键位置的SNP多态性有关,及与转录因子结合元件的结构差异相关;HSD3B1基因转录起始点上游78 bp处甲基化频率可能影响转录效率,可能影响基因表达,进一步引起香猪产仔数的变化。