相对于公司企业而言,农民专业合作社的相关立法中存在更为灵活的自治空间,体现在出资制度、分配制度、治理机构制度、表决制度上。这些制度的形成,有其背后的历史原因,符合一定时期合作社的发展需求,但是不能完全满足当前合作社的市场竞争。农民专业合作社虽然不以盈利为主要目的,但是作为一个市场经济主体,自身发展离不开资本的支持,而只有合作社健康发展,才能更好的发挥其服务农民、服务农业的社会功能。在现行的农民专业合社的相关法律制度中,部分条款偏向于对农户社员的保护,导致合作社内部的运作方式与管理机制对外融资不友好,未能实现发展合作社,扶助农民农业的立法目的。本文的第一部分,首先明确了何谓“自治制度”,并对现行有效的农民专业合作社的相关立法和具有指导作用的制度章程等进行了梳理,将其中涉及到合作社自治并且对合作社的融资、发展有较大影响的的内容进行归纳。接着分析从国际上合作社诞生之初确立的原则到今天我国立法的时候对国际原则结合国内的实际情况进行的本土化调整,追本溯源以求得知现行合作社立法中那些自治制度背后的考量,因为合作社所处的市场环境、社会经济条件、社员的构成已经发生了极大变化,通过立法背景的对比来发现哪些立法已经不适应当前合作社的发展。在本文的第二部分、第三部分,根据阅读书籍和文献资料了解到的实践中合作社的运营情况,对上述的自治制度的实施情况进行了评价和分析,最后从立法的角度,分析了现行的这些自治制度对合作社的治理、融资、发展带来的不良影响。本文的最后一个部分,结合前面提出的合作社自治制度立法在实践中暴露的问题以及这些立法背后的考量和目的,本着不偏离合作社的本质与特性的原则,提出了当前合作社所处的发展阶段适宜采用的立法的一些个人见解：在出资制度方面,加强评估监督,以提升合作社多元化出资的质量；在盈余分配制度方面,不完全固守“惠顾返利”的做法,而是采用动态分配的设计,以满足社员享受服务、外来资本获取利润的多层需求；在公积金制度方面,不极端的完全固化公积金或者放任公积金的提取自治,而是将合作社的发展划分为不同的阶段,每个阶段对应不同的公积金累积比例,并明确终止阶段公积金的处置方式；在治理机构方面,对成员大会、理事机构、监事机构三大自治机构的设立和权责做进一步的强制与明晰,充分发挥其功能；在表决制度方面,坚持民主管理、服务农民的基础上,兼顾外来投资者在合作社内部的参与管理的诉求,分为两层进行。以上这些研究的目的在于充分考虑当下合作社的发展需求,通过对合作社立法中自治制度的进一步完善,以期加强合作社资产的稳定性与质量,提升合作社对外的商业信誉；借鉴公司企业、国外经验规范合作社的管理模式,提升合作社经营的现代化水平。最终使得合作社能够吸引外来资本,能够在外来资本进入后保持自身的功能性质不变并更好的服务农业。