痹证属于现代医学中自身免疫疾病的风湿病范畴，“乌头汤”源于医圣张仲景所著《金匮要略》，以其温中散寒、除湿止痛的功效常用于治疗各种风湿疾病，并取得良好的临床效果。本论文以组学技术为主线，结合网络药理学、药物代谢等方法系统地研究了乌头汤治疗痹症的药效物质基础及作用机制。　　1.通过药效学和非靶向尿液代谢组学的研究，评估了乌头汤及组方单味药在治疗类风湿性关节炎中的疗效。结果显示，乌头汤在治疗类风湿性关节炎时所影响的代谢通路主要是苯丙氨酸、酪氨酸和色氨酸生物合成，牛磺酸和次牛磺酸代谢通路，苯丙氨酸代谢通路等，不同的单味药影响不同的代谢途径。乌头汤治疗类风湿性关节炎的效果优于其他单味药，制川乌和麻黄在复方中起到了主要的治疗作用，乌头汤导致的代谢轮廓改变主要由制川乌引起，而黄芪、白芍和甘草起到了协同及增强药效的作用。此外，通过非靶向尿液和血清的代谢组学阐述了黄芪对于治疗类风湿性关节炎的机理。　　2.开发了一种基于UPLC-TQ-MS的生物标记物定量方法。通过方法学研究，包括考察日内、日间精密度和准确度、基质效应、加样回收率、线性范围、定量限和检测限等，表明该方法符合对生物样本中化合物的定量要求。采用该方法对乌头汤组和单味药组治疗风湿性关节炎尿液中的18个潜在生物标记物进行了定量研究，从靶向代谢组学的角度验证了非靶向代谢组学中筛选出的潜在生物标记物的可靠性。　　3.开发出一种基于化学谱组学(CP-Omics)技术解释复方配伍机理和优化复方的新方法。以乌头汤为例解释了CP-Omics的工作流程，通过分析各个药对中主要的化学成分含量的相对变化来分析药物组合的科学合理性。通过聚类分析，推断出甘草、麻黄配伍制川乌组成的新复方和乌头汤的化学谱最相似，并药效学验证，新复方可以作为乌头汤的简化复方来应用。CP-Omics方法为中药复方的简化、中成药的质量控制和中药的现代化研究提供了新思路。　　4.首次全面分析了乌头汤体内可吸收入血的成分及其在体内的代谢途径，鉴定出22种乌头汤入血的原型成分和49种代谢物，并首次提出了靶向网络药理学的观点，构建了“入血成分-对应靶点-疾病”的网络药理图，筛选出乌头汤在体内可能作用的一些靶点，如:PTGS2，PTGS1，TNF，IL-1β等，为后续乌头汤在体内作用机理的深入研究提供了依据。　　5.根据Patemò-Büchi(PB)反应的原理，设计和搭建了一个在线PB反应的装置，结合质谱分析可以定位不饱和脂类中双键的位置。筛选出二苯甲酮作为新的PB试剂，并优化了反应中的各种条件，首次实现了样品在液质联用分析过程中的在线PB反应，并用该方法分析鉴定了大鼠血清中的不饱和脂类，拓宽了脂质异构体定性和定量的研究方法。