国家新型城镇化战略的实施为小城镇迅速发展带来新机遇，重庆市城乡关系从城乡二元结构向城乡一体化的转化为小城镇的发展注入新动力，重庆市小城镇的发展分化使小城镇差异的研究势在必行。本文以区域差异的相关理论、城乡关系理论以及城镇化发展阶段理论为指导，在梳理并总结主体功能区及小城镇经济发展相关文献基础上，将重庆市小城镇归纳到三类功能区中进行差异化研究。首先从重庆市市域层面对重庆市小城镇的经济发展整体现状进行了分析，以此为基础，着重从时序阶段、主导产业、人口规模和空间密度四个方面对不同功能区小城镇的经济发展差异进行了刻画，并从生产力布局上的历史差异及区域政策差异，中心城市扩散效应差异，交通区位条件差异，自然地理条件差异，文化观念及人力资本差异等方面考察了重庆市小城镇经济发展差异的形成原因；然后再从时序阶段、主导产业、人口规模和空间密度四个方面审视世界范围内小城镇经济发展差异，以为重庆市小城镇差异发展寻求国际借鉴，最后结合重庆市小城镇经济发展的新趋势，确定三类功能区小城镇经济发展的战略定位，并提出不同功能区小城镇经济发展的对策：都市发展区可采用TOD新城模式促进小城镇与核心城区的融合，实现与核心城区一体化发展；城市发展新区应着重培养小城镇的自组织能力，打破行政区划限制，集群化发展；生态发展区要着重培育区域内的小城镇的增长极以带动外围小城镇的经济发展，另外要引导后发小城镇从传统农业镇向生态旅游小城镇转型，实现跨越式发展。