为了满足消费者多样化、个性化的消费需求和进一步扩大农产品市场份额,越来越多的农产品供应链企业涉足农产品电商,由此开启了农产品线上和线下双渠道流通模式的变革。在实体零售渠道和网络销售渠道并存的市场环境中,农产品市场的双重边际效应及面对共同客户不同渠道间的冲突、流通中高损耗和高成本所导致的流通效率低、盈利难等问题依然严峻。在此背景下,如何推动双渠道供应链企业合作以化解渠道冲突、降本增效是农产品双渠道供应链实现供应链企业自身利益及整体利益最大化的关键。为此,本文结合农产品双渠道供应链市场环境,以农产品双渠道供应链企业的合作为切入点,讨论农产品供应链企业合作的驱动力及机理,并深入探讨农产品双渠道供应链企业的行为演化,进而构建供应链企业的合作机制,以期更好地促进农产品双渠道供应链企业深化合作、互利共赢。本文以演化博弈理论为支撑,深入研究了混合双渠道下农产品供应链的供应商与零售商在合作决策的演化过程,并在此基础上探究惩罚机制对博弈双方合作决策演化均衡性的影响。结论表明:供应商与零售商合作决策的演化均衡性与双方的利益冲突与合作意愿紧密相关,合作成本、合作收益是决定博弈双方合作的重要因素,合作收益大于合作成本是合作行为产生的根源;惩罚机制可以调节供应链企业的行为选择,供应商与零售商的合作决策与惩罚力度呈正相关。双渠道供应链企业间的合作能够实现供应链资源价值最大化,进而实现供应链企业的合作共赢以提升农产品供应链的整体效益和竞争力,Matlab数值仿真实验也验证了上述结论。基于上述分析,本文从成本共担、利益共享、风险防范等角度提出促进农产品双渠道供应链企业合作的对策与建议,对促进农产品双渠道供应链合作具有一定的借鉴意义。