溆浦白鹅PRL基因编码区序列遗传变异及相关分析

来源 :吉林农业大学 | 被引量 : 8次 | 上传用户:kkkdddz
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本研究以与就巢性状关系密切的PRL基因为候选基因,通过设计的7对引物对溆浦白鹅PRL基因编码区序列进行克隆测序;运用PCR-SSCP手段分别对7对引物所得片段进行多态性分析;探寻PRL基因编码区序列与产蛋量性状的相关程度,并检测基因突变位点。PCR-SSCP分析结果表明,试验群体PRL基因第1、2、3、5外显子在所检测位点上不存在SNP,所检测到的等位基因在群体中已固定。在外显子4中发现一处SNP位点G/A,分析结果表明未引起氨基酸序列改变,为沉默突变。野生型等位基因(A)频率为0.8837,突变型等位基因(B)频率为0.1163;群体中检测到两种基因型,AA基因型频率为0.7647,BB基因型频率为0,AB基因型频率为0.2326。在内含子2中发现的SNP位点为T/C突变,并得到了两个基因型,其中C基因频率为0.907,D的基因频率为0.093;CC基因型频率为0.814,CD基因型频率为0.186,DD基因型频率为0。对试验群体中这两个SNP位点分别进行卡方检验,结果表明其基因型分布与理论比例差异不显著(P>0.05),均处于Hardy-Weinberg平衡状态。经SPSS软件对PRL基因SNP与溆浦白鹅产蛋量性状的相关进行统计分析,结果表明不同基因型对产蛋量性状影响不显著(P<0.05)。将溆浦白鹅PRL基因编码区序列与其他禽类比较,其中溆浦白鹅与皖西白鹅、农安籽鹅、莱茵鹅和马岗鹅等同源性分别为99.7%、99.7%、99.6%、98.8%;与北京鸭同源性为98.4%;与家鸡同源性为92.0%。经氨基酸序列分析表明,溆浦白鹅与皖西白鹅、莱茵鹅分别在第69位的氨基酸(L/F)和第56位氨基酸(H/R)有变化,但亲水性、极性以及电荷都没有发生变化,只是分子量略有变化,此变化在第1个a螺旋位置;与马岗鹅比较有三个氨基酸突变位点,首先在第6位氨基酸有个A/D的突变,其在信号肽序列上发生了氨基酸性质上的改变,其次,在第105位氨基酸有个D/H的突变,其突变位点在第4个a螺旋位置,其亲水性、极性以及电荷都没有发生变化,只是分子量略有变化,再者,在第205位氨基酸有个R/H的突变。这些突变对于PRL保守的分泌和运输方式可能是必须的,但是是否影响其功能还有待于进一步研究。通过生物信息学分析结果显示溆浦白鹅PRL基因内含子2突变位点T/C颠换可能导致此处增加了个SRY因子并可能导致Tst-1因子改变为Nkx-2因子。利用密码子使用频率库对溆浦白鹅PRL基因外显子4发生的G/A突变位点进行分析,发现密码子CUG变为CUA,两者均编码亮氨酸,但是前者的使用用频率是后者的的近6倍。因此,外显子4发生的突变可能影响蛋白合成效率,从而可能引起PRL量的差异。
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