生态补偿问题已经成为21世纪的热点问题之一，中共十七大提出了建立生态文明并倡导建立生态补偿机制。流域生态补偿是生态补偿的一个重要分支，近年来，流域污染日益严重，2009年中国日报报道了中国高达90％的地下水被污染，建立流域生态补偿机制可以有效地帮助减少流域污染，保持环境与经济可持续、协调、和谐发展。　　 近几年太湖流域蓝藻频频暴发，使得太湖流域水质恶化，连续的高温高热导致蓝藻死亡、腐烂，最后污染了水源。与此同时，人们还在不断地污染太湖，根据太湖流域2009年水资源公报中对水质的综合评价结果，在5582.1千米评价河道中，优于Ⅲ类（含Ⅲ类）水河长占评价河长11.8％、Ⅳ类水河长占19.1％、劣Ⅴ类（含Ⅴ类）水河长占69.1％。人们一边在积极地治理，一边却是农业、工业和生活污水在源源不断地流进太湖。如果不从根本上解决问题，治理的速度远远比不上污染的速度。　　 传统流域生态补偿核算方法主要集中针对中小型流域，而且往往只考虑到污染者，忽略了保护者，最终无法达到帕累托最优。因此，本文将引进水足迹理论，针对太湖流域建立一个适用污染和保护两种情况的模型。　　 首先，本文阐述了流域生态补偿的理论基础和核算方法，并对核算方法进行评价。　　 其次，通过对太湖流域近几年的经济、人口、水质因素等进行分析，选取太湖流域生态补偿的主客体，根据主客体的实际情况，初步计算其水足迹，发现太湖流域农业、工业、生态和生活中携带了很大一部分虚拟水量，得出2001-2009年上海市和湖州市的年均水足迹分别为47.46亿m3和15.75亿m3。并对研究区的水足迹与经济增长之间的关系进行实证分析，运用平稳性和协整理论分析发现上海市的经济增长与水足迹未达到环境库兹涅兹(EKC)的拐点，不符合倒“U”型的EKC，而湖州市的经济增长与水足迹已经达到了“U”型低点。　　 最后，通过对研究区水资源的供需情况进行分析，并结合上海市和湖州市的水足迹，得出2001-2009年上海市应给予湖州市一定的补偿费用，其金额为36.75亿元，然后针对太湖流域提出改进的政策与建议。