鸭疫里默氏菌病作为感染雏鸭的主要细菌性疾病,给养鸭业造成了巨大的经济损失。防控鸭疫里默氏菌感染主要通过疫苗免疫接种和药物防治。由于鸭疫里默氏菌血清型种类繁多,且各血清之间无交叉免疫性,极大地限制了疫苗在防控鸭疫里默氏菌感染上的应用;因此生产上主要依靠药物防控,但由于药物使用的不规范,造成鸭疫里默氏菌耐药情况越来越严重,呈现多重耐药现象。研究表明细菌的耐药表型是由其含有的抗性基因共同作用的结果。为从分子角度研究鸭疫里默氏菌的耐药机制,研究选取生产上各个省市送检病料分离鉴定细菌,并对分离得到的细菌做耐药情况检测,从中筛选多重耐药菌株,提取基因组使用高通量测序并进行生物信息学分析,初步从分子水平揭示其耐药机制与耐药表型的关系。这些为进一步深入研究鸭疫里默氏菌的耐药机制奠定了基础。研究首先将四川、北京、广东、海南、广西、吉林、贵州、江苏等八个省市规模化养鸭场送检疑似鸭疫里默氏菌感染病料剖检,剖检后呈现纤维素性渗出物包膜覆盖于心脏、肝脏等器官以及脑膜充血等典型症状。无菌挑取发病鸭的肝脏和脑,接种于鸭血琼脂平板上并在37℃烛缸中培养,最后根据菌落形态并通过鉴别培养基筛选疑似鸭疫里默氏菌菌株,最后使用Biolog全自动微生物生化以及PCR鉴定分离得到的菌株。然后使用K-B药敏纸片扩散法检测分离菌株药物敏感情况,筛选出耐药较严重20株临床菌株。实验室鉴定结果显示其中15株为鸭疫里默氏菌,为更准确的了解这15株鸭疫里默氏菌的耐药情况,实验选取10类抗生素中具有代表性的24种药物通过微量肉汤稀释法检测其M1C值；MIC结果显示15株鸭疫里默氏菌分离菌株均表现多重耐药,RCAD0122是其中耐药情况最为严重(即耐药水平最高和耐药谱最广)的一株菌。为从分子角度初步研究鸭疫里默氏菌的耐药机制,提取这15株RA的基因组送样进行高通量测序,序列组装并依据NCBI基因组注释原则(Prokaryotic Genome Annotation Pipeline)进行注释,通过修正软件对注释结果进行修正,以减少错误的出现。对测序得到的基因组数据首先使用抗性基因鉴定数据库和耐药基因簇数据库鉴定RCAD0122株基因组中所含抗性基因及多重耐药基因簇：然后将所有注释的抗性基因及其上下游基因在NCBI上进行序列比对,筛选可能的抗性基因。结果发现RCAD0122株中含有与红霉素、氨基糖苷类、β-内酰胺类、氟喹诺酮类、林可胺类、磺胺类、万古霉素等抗性相关基因及多个多重耐药外排泵；并在该菌株中发现了一个多重耐药基因簇。根据RCAD0122株所含全部与抗性相关基因在全基因组中的位置及长度使用SnapGene软件构建抗性基因结构图；最后将RCAD0122与ATCC11845菌株中所含抗性基因及耐药表型进行比较分析,分析所含抗性基因与耐药表型的关系,初步从分子水平揭示了鸭疫里默氏菌的耐药机制。