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分别利用6对Genomic-SSR引物和6对EST-SSR引物对秦岭地区的6个中华/美味猕猴桃复合体(A.chinensisvar.chinensis/deliciosacomplex)自然居群进行遗传多样性、居群遗传分化及其景观遗传结构分析。结果表明：1)秦岭地区中华/美味猕猴桃复合体具有很高的遗传多样性，南坡(Genomic-SSR：HT=0.8422；EST-SSR：Hr=0.8634)和北坡(Genomic-SSR：HT=0.8548；EST-SSR：HT=0.8548)的居群遗传多样性基本相近，高海拔区域居群遗传多样性相对偏高；2)居群遗传结构分析表明秦岭地区中华/美味猕猴桃居群遗传分化较小(Genomic-SSR：Gst=0.0995；EST-SSR：Gst=0.0895)，存在较大基因流(Genomic-SSR：Nm=2.263；EST-SSR：Nm=2.543)，秦岭南北坡内部居群遗传分化没有明显差异，但基于分子方差分析(AMOVA)结果显示有23.51％的变异存在于居群间，居群间存在明显的遗传分化；3)UPGMA聚类分析结果显示秦岭地区中华/美味猕猴桃居群并没有按南坡和北坡区域聚类，而是按秦岭中段居群、西段居群和东段居群聚为3大类；4)基于景观遗传结构的SAMOVA和BARRIER分析结果显示秦岭的主脉和支脉都会对猕猴桃居群间的基因交流产生较强的阻隔作用。
同时采用这些SSR标记对全国范围内的分布于10个山脉的32个中华/美味猕猴桃复合体自然居群进行遗传多样性、居群遗传分化及分子系统地理学分析。结果表明：1)各居群和各山脉均有很高的遗传多样性，居群(Genomic-SSR：HT=0.8467；EST-SSR：HT=0.8999)和山脉(Genomic-SSR：HT=0.8467；EST-SSR：HT=0.8691)的遗传多样性基本相近，其中只有秦岭山脉存在特有等位基因，而且遗传多样性最高，而南岭的遗传多样性最低，推测秦岭区域可能是中华/美味猕猴桃复合体的冰期避难所和次级扩散中心；2)居群遗传结构分析表明各居群和山脉的遗传分化均较小，居群间的遗传分化(Genomic-SSR：Gst=0.1772；EST-SSR：Gst=0.1742)比山脉间(Genomic-SSR：Gst=0.0940；EST-SSR：Gst=0.0434)的大，居群间和山脉间均存在较大基因流，山脉间的基因流(Genomic-SSR：Nm=2.4110；EST-SSR：Nm=5.5119)比居群间(Genomic-SSR：Nm=1.1612；EST-SSR：Nm=1.1848)大，但基于分子方差分析(AMOVA)结果显示有22.8％的变异存在于居群间，居群间存在明显的遗传分化；3)UPGMA聚类分析结果显示中华猕猴桃复合体居群表现出明显的地理区域倾向，与居群间的遗传距离与地理距离之间存在显著的正相关性(r=0.2660)结果一致。