MLPA技术在单基因遗传病DMD/BMD、SMA基因诊断中的应用

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背景假肥大型进行性肌营养不良症(Duchenne and Becker muscular dystrophy, DMD/BMD)、脊髓性肌肉萎缩症(Spinal muscular atrophy, SMA)都是常见的的致死性单基因遗传病,目前暂无有效的治疗手段,所以检测患者致病基因,开展携带者筛查和产前诊断以避免患儿的出生显得尤为重要。传统的DMD/BMD基因诊断方法有缺失热区21个外显子PCR检测、实时荧光定量PCR和遗传连锁分析。各方法都存在一定的局限性:21个外显子PCR检测不能筛查杂合缺失和重复突变;实时荧光定量PCR虽能定量分析基因拷贝数,但DMD基因较大,其检测范围难以覆盖所有位点,所以一般只在已知患者突变位点时对女性亲属相应位点进行分析,又由于操作量大,在临床上没有广泛应用;连锁分析筛查携带者依赖于患者信息,且无法区分新发生突变而误诊携带者。传统的SMA基因诊断方法为PCR-酶切法,仅限于检测SMN1基因7号外显子纯合缺失,未能检出携带者。基于上述方法的缺陷和临床需要,我们急需建立高效、准确、灵敏并适用于临床大样本检测、不依赖患者信息的携带者筛查平台,完善DMD/BMD、SMA基因诊断体系。目的建立单基因遗传病DMD/BMD与SMA的多重连接依赖性探针扩增技术(MLPA)检测平台,提高患者诊断率和携带者检出率,并指导再生育。方法①有患者参与诊断的DMD家系18个,无患者信息的家系11个。18位患者已检测了突变热区21个外显子的缺失情况,诊断率为66.7%(12/18),且通过STR遗传连锁分析均可确定X风险染色体。应用MLPA技术对29个DMD家系中5位已知缺失突变的患者、28位女性疑似携带者及1例胎儿行基因诊断。产前诊断通过SRY基因检测确定性别。对缺失/重复型DMD携带者行实时荧光定量PCR验证。②应用MLPA检测8个SMA家系的4位SMA患者,12位疑似携带者。4位SMA患者已经PCR-酶切法筛查,结果提示SMN1的7号外显子均为纯合缺失。结果DMD:①MLPA检测到5位患者已知位点及其相邻位点存在缺失突变。说明MLPA检测范围广,结果准确可靠。②18位DMD患者进行了缺失热区21个外显子的检测,诊断率为66.7%(12/18),应用MLPA技术后,在3个未筛查到缺失突变的DMD家系中发现了重复突变,DMD患者诊断率提高到83.3%(15/18)。联合应用MLPA检测、缺失热区突变筛查和遗传连锁分析可为18个有患者参与诊断的DMD家系提供信息,诊断率达100%(18/18)。③连锁分析需在有患者参与的前提下才能进行携带者的筛查,而MLPA不依赖患者参与,即可对疑似携带者的致病基因行直接诊断。本研究应用MLPA筛查到11位DMD女性携带者(其中5位来自无患者信息的家系),结果经实时荧光定量PCR验证无误。携带者诊断率为50%(11/22)。④一例产前诊断胎儿SRY检测为阴性,其未遗传到母亲的缺陷基因,排除携带者身份。⑤5个家系(家系6-10)经遗传连锁分析提示,患者X致病染色体均遗传自其母亲。应用MLPA发现这5个家系DMD患者母亲基因型正常,推知患者的缺失突变系新发生突变,突变新发生率为35.7%(5/14)。仅依靠连锁分析筛查携带者有可能发生误诊,故生育指导时,仍需对疑似携带者行直接基因诊断。SMA:①4位SMA患者MLPA检测结果:1号患者SMN1纯合缺失;2号患者一拷贝SMN1缺失,另一拷贝转变为SMN2;3、4号患者基因型均表现为一拷贝SMN1装变为SMN2,另一拷贝仅7号外显子转变为SMN2外显子7。MLPA可判断SMN1是发生了缺失还是转换,检测结果比PCR-酶切法更详细。②PCR-酶切法不能筛查携带者,MLPA对12位SMA疑似携带者的SMN1/2基因拷贝数进行了相对定量,确定了携带者身份,为其再生育提供了有利信息,携带者诊断率为100%(12/12)。③本课题发现了8种SMN基因型。结论MLPA是一种高效、灵敏、准确、性价比较高的DMD/BMD、SMA分子诊断新方法。MLPA的应用不依赖患者信息,可有效对DMD/BMD、SMA致病基因拷贝数进行相对定量,检出遗传缺陷携带者和提高患者诊断率。
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