目的：对2008-2010年临淄区人民医院住院手足口病(HFMD)患儿进行病原学分析,以丰富本地区手足口病流行病学资料,并为临床重症病例的监控和治疗提供参考。方法：采集患儿的粪便及咽拭子标本并提取RNA；采用实时荧光RT-PCR法分别检测其中人肠道病毒(HEV)、肠道病毒71型(EV71)及柯萨奇病毒A16 (CoxA16)型RNA；分析2008-2010年不同年度手足口病病原学分布；比较EV71与CoxA16在重型病例与普通病例中的检出率；探讨粪便和咽拭子标本的检测敏感性。同时总结比较了两型病毒所致的手足口病患儿血液学及生化检测指标的差异。结果：2008年本地区手足口病病原以EV71型为主(59.1%)；2009年两种类型病毒比率相近；2010年以CoxA16为主(50%)。在20例重型病例中,EV71阳性占80%(16、20),CoxA16为20%(4/20)；粪便标本中肠道病毒RNA的阳性检出率为64.6%(42/65),咽拭子的阳性率为26.7%(14/40)。而EV71与CoxA16感染的患儿其多项血液及生化检测指标无显著性差异。结论：2008-2010年临淄区流行的手足口病病原以EV71型和CoxA16型为主,且随年份不同,其所占比率有差异。重型病例以EV71感染为主。在应用荧光RT-PCR方法进行手足口病病原学诊断中,粪便比咽拭子标本具有更高的阳性检出率。