探究可预测胃癌患者生存期的铁死亡相关基因

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背景:胃癌是起源于胃黏膜上皮一种常见恶性肿瘤。铁死亡(Ferroptosis)是一种铁依赖性的,区别于细胞凋亡、细胞坏死、细胞自噬的新型细胞程序性死亡方式。目前研究表明,铁死亡在癌症生物学中起着重要的作用。细胞外基质(ECM)已被证实在肿瘤细胞增殖、凋亡、代谢和分化等方面发挥着重要作用,并作为肿瘤微环境的重要组成部分与免疫微环境相互作用,影响肿瘤的发生和发展过程。目的:本课题研究旨在根据与预后相关的铁死亡基因构建了一个预后模型,以更好地预测胃癌患者的预后。并初步探索相关铁死亡基因在胃癌中的作用。方法:从TCGA数据库中下载胃癌数据,并从Ferr Db数据库获得259个铁死亡相关基因。利用COX回归分析,筛选与胃癌预后相关的铁死亡基因,并以这些基因构建预测模型。接着对该模型的风险评分和胃癌临床数据进行进一步分析,以得出该模型与总体生存率以及临床病理特征之间的相关性。最后,对构建模型的基因进行GO和KEGG富集分析,为了进一步分析模型中基因与肿瘤免疫的相关性,采用ss GSEA对免疫细胞进行量化评分并计算免疫相关通路的活性。在构建预后模型的铁死亡相关基因中选取SLC1A4进一步验证,收集胃癌患者手术切除的组织样本,应用免疫组织化学染色检测SLC1A4蛋白表达水平,应用荧光定量PCR法进一步检测mRNA表达水平,分析SLC1A4表达水平与胃癌之间的相关性。结果:我们鉴定了11个铁死亡相关基因(NOX4、NOX5、SLC1A5、GLS2、MYB、TGFBR1、NF2、ZFP36、DUSP1、SLC1A4、SP1),这些基因影响胃癌患者的预后。选取SLC1A4在胃癌组织进行验证,结果显示SLC1A4在胃癌组织中表达上调,且与患者不良预后有关。结论:本课题对在胃癌组织和正常组织之间有预后差异的铁死亡相关基因进行一系列生信分析,明确了11个影响胃癌患者预后的铁死亡相关基因。其中SLC1A4在胃癌中表达上调,有望为胃癌筛查、靶向治疗、预后评估提供新的参考和研究方向。
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