背景:确定微生物的基因组序列是研究他们的生物学和功能特征的基础和先决条件,而得到完整的基因组序列是首要任务。目前,Illumina平台测序技术已经发展得很成熟,read的测序长度从最初的SE36bp(GA)增加到现在的PE300bp(Miseq),借此已完成大量的基因组组装工作,但通常也只能得到基因组草图,而对于高重复,高杂合,以及复杂区域,其组装结果往往差强人意。Pac Bio技术的出现,借助其长read的特点,在一定程度上,可以弥补Illumina短read在组装上的部分缺陷,但其成本的昂贵且通量低,限制了其大规模的应用。结果:本论文使用Illumina平台和Pac Bio平台对S.enterica、S.aureus和B.parapertussis三个细菌进行了全基因组测序,分别获得150X以上的Illumina数据和50X以上的Pac Bio数据。分别使用Illumina数据、Pac Bio数据和不同乘数两种数据混合对三个基因组进行组装,结果说明两种数据混合组装的策略是可行的,且在50X的Illumina数据加上20X的Pac Bio数据的组合下就可以获得较好的组装结果,三个细菌的组装结果Contig数量都为1,N50长度分别为~4.85M、~2.91M和~4.18M,覆盖度都达到0.99以上,相似度达到0.95以上。结论:两种数据混合组装的策略是充分利用Illumina数据的高准确性和Pac Bio数据长read的优势,降低高重复、高杂合等复杂区域的组装难度,使组装的结果达到完成图的水平,这种策略既满足组装结果准确性、完整性和连续性的要求,同时最大程度地降低测序成本。