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宁夏优质肉羊新品种(系)培育中,多胎(羔)性状是重要的目标性状。由于繁殖性状遗传力较低,表型选择效果差。而采用分子标记辅助选择方法能够提高选择的准确性,加快选育进展。本研究采用候选基因飞行质谱法,选用与羊的繁殖性状相关的8种基因60个snp位点作为候选位点,对杜泊羊(D)、小尾寒羊(H)、滩羊(T)和滩寒杂交羊(TH)4个品种384例个体的多态性进行了检测,分析群体差异性,筛选多羔候选基因。结果表明:(1)BMPR1B基因的9个SNP位点中,5个位点无多态性,且在4个羊群中基因型相同;4个位点有多态性。rs418841713位点C基因频率在D、T与H、TH间差异极显著(P<0.01),且D与T、H与TH间差异显著(0.01<P<0.05);rs428753381位点T基因频率在T群中极显著高于D、H、TH群体(P<0.01);rs603752979位点T基因频率在D中极显著高于T、H、TH群体(p<0.01);BMPR1B746位点G基因频率在D、T与H、TH群体间存在极显著差异(P<0.01)。(2)BMP15基因4个SNP位点、ESR1基因2个SNP位点、PGR基因7个SNP位点和在D、H、T、TH4个羊群中没有多态性,基因型无差异。GnRH基因3个SNP位点在这4个群体内没有显著差异(p>0.05)。(3)在LHR基因15个位点中,5个SNP位点没有多态性,10个位点有多态性,但7个位点在4个群体中无显著差异(p>0.05),3个位点在4个群体中有差异。rs422326439位点A基因频率在D群体极显著高于T、TH(p<0.01);rs410734874位点A基因频率在T、TH群体极显著高于 D、H 群体(p<0.01)。(4)ESR2基因10个SNP位点中,3个没有多态性;7个位点有多态性,但4个位点基因频率在4个群体中不差异显著(P>0.05);3个位点有多态性,rs405617034、rs428438934在D、H和TH中A基因频率极显著高于滩羊(P<0.01);rs603897979位点T基因频率在D群中极显著高于H、T、TH(P<0.01)。(5)FSHR基因9个SNP中,4个多态性很低,且在4个群体间无差异性;rs399253678位点多态性较高,但4个群体中不存在显著差异(P>0.05);rs399612350位点A基因频率在T与D、H、TH群体间存在极显著差异(P<0.01);rs422112895位点G基因频率在T与H、TH、D群体间存在极显著差异(P<0.01);rs398233545和rs1093458544位点T基因频率在D与T、H、TH群体间存在极显著差异(P<0.01)。(6)在3号染色体上发现2个连锁群,第一个连锁群是FSHR基因的rs422112895和rs398233545两位点,有TC、GT两种单倍型,TC频率高于GT;第二个连锁群LHR基因的422326439、398733991、421442316 和 410734874 四个位点或 rs422326439、rs398733991、rs421442316、rs401906902和rs410734874五个位点连锁,分别形成5或6个单倍型,CCAA或CCAAA频率最高。7号染色体发现1个连锁群,是ESR2基因的405617034和4284389434两个位点连锁,形成GT和AC两种单倍型,GT频率高于AC。初步确定:BMPR1B 基因的 4 个位点(rs418841713、rs428753381、rs603752979和BMPR1B746)、ESR2 基因的 rs603897979 位点和 FSHR 基因的 3 个位点(rs399612350、rs398233545 和rs1093458544)可作为4个群体的多羔基因检测的候选基因。