随着经济全球化和创新时代的来临,现代经济发展已经由依靠传统的资本、劳动力等基础生产要素投入向倚重于技术、知识、信息、技术、专业化的人力资本等高级生产要素投入的方面转变,国家级高新区面对国际全球化和市场经济的挑战,其自主创新战略已经上升成为国家战略,实施自主创新成为高新区实现国家快速高效发展的重要途径和关键举措。本研究是在系统科学和创新理论的指导下展开的,充分运用系统分析和动态分析与演化理论观点,立足高新区自主创新的发展模式和驱动模式,探索基于PIH创新能力培育的演化路径,围绕着产业集聚,企业集群的资源高效配置约束理论,联合构成大系统的自主创新模式,运用系统创新发展的路径模式,对高新区的自主创新进行理论研究和实证分析,并从数理统计方法入手,借助主成分分析、DEA包络分析(C2R&BCC效率分析),聚类分析对高新区发展进行能力测度,通过发展能力排序,进行了规模和技术效率分析,发现高新区区位和地理布局特点,不同的高新区、企业等的创新主体在层次上,空间上,地理上、资源上存在着不同特征,也会存在着不同的创新策略和发展路径选择策略。林毅夫先生说过:“真正对理论的贡献是来自于对现象的观察,从现象当中抽取理论,这才是原创性的贡献”,为此,路径选择与测度的关键在于以科学的理论和方法为指导,高新区自主创新系统应以现实经济系统动态化运行、实际化发展趋势为重,进行科学性、合理性的研究导向与分析决策。