红索藻目植物是淡水红藻中种类较少的一个类群，它们只能生活在清冷、洁净且流动的淡水水体中。近年来，由于旅游资源的大量开发，一些泉水、溪流受到了严重污染，生长于其中的红索藻目植物类群的生存受到了严重威胁，有些种类已濒临灭绝。因此，其系统发育分析、生态分布及生物地理的研究对于这一类群的保护有很重要的现实意义。　　红索藻目属于红藻门，红藻纲，真红藻亚纲，是淡水红藻中建立较晚的一个目。其主要特征是配子体为多轴型，纹孔栓具双层帽，外层栓帽呈平板状。目前世界范围内报道的红索藻目植物只有2属，红索藻属（11种）和拟海索面属(2种)。　　棘刺红索藻是红索藻目的模式种，也是该目分布最广的种。本文以采自中国山西的棘刺红索藻为研究样本，结合从GenBank中获取的来自世界各大洲相关物种的rbcL、18S rRNA、psaA、psbA和COI基因序列，构建了该目的系统发育树。结合其形态和生物地理特征的结果显示，红索藻目植物聚合于一个分支，独立于其他类群，支持红索藻目为一独立的目。红索藻目与串珠藻目无密切的亲缘关系，有较高的统计学支持，但这一结果并不确定，还需要更多生物学证据的进一步支持。另外，结合红索藻目植物的现代地理分布，用分子系统方法对红索藻目植物进行了生物地理学研究，推测现代红索藻植物类群可能的起源地在欧亚大陆。对真红藻亚纲系统发育关系研究显示，奥杜藻、红索藻和串珠藻是相对独立的，这一结果也为分析奥杜藻与红索藻或串珠藻的关系提供了依据。目前，真红藻亚纲各个目的分类地位及亲缘关系研究还没有一个定论，但这些数据为其以后的深入研究提供了更多的科学资料。