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鸢尾属(Iris L.)是鸢尾科最大的属,是一类利用价值高的多年生草本植物;也是一类比较古老的类群,拥有丰富的遗传变异,其属下具体分类位置争议较多。中国鸢尾属植物约有60种13变种4个变型,全国各省都有分布,西南和西北较多。四川属于中国鸢尾西南分布中心的重要省份,拥有23种2变种。本研究在四川收集到鸢尾属植物19种5变种,对其采取了种质资源保存与保护措施,并利用trnL-F、rbcL基因对其进行了分类进化研究。主要研究结果如下:(1)对赵毓棠分类系统进行验证,其中trnL-F数据基本符合赵毓棠的分类系统,且鸢尾属并非单起源。该分类系统中,无附属物亚属中各物种的起源和亲缘关系都比较复杂,其中天山鸢尾(Iris loczyi Kanitz)可能是该属的分化种;支持野鸢尾亚属和琴瓣鸢尾亚属的存在;须毛状附属物亚属属下分类系统较混乱,果实侧裂组的长白鸢尾(IrismandshuricaMaxim.)聚到果实顶裂组,建议对属下级别的分类进一步研究;尼泊尔亚属是比较自然的一个分类群;鸡冠状附属物亚属属下分类不统一,特别是小鸢尾(Irisproantha Diels)的位置饱受争议。(2)通过trnL-F和rbcL聚类树及形态观测,结合前人的研究,对有争议的物种有如下结果:扁竹兰(Irisconfusa Sealy)和蝴蝶花(Iris japonicaThunb.)关系较扇形鸢尾(Iris wattii Baker)近,扇形鸢尾和鸢尾(Iris tecturom Maxim.)亲缘关系近;聚类树支持马蔺(Iris lactea Pall.var.chinensis)作为白花马蔺(Iris lactealPall.)的变种来处理;细锐果鸢尾(Iris goniocarpa Baker var.tenellaY.T.Zhao)和锐果鸢尾关系很近,支持其作为锐果鸢尾的异名,大锐果鸢尾(Iris goniocarpa Baker var.grossa Y.T.Zhao)与锐果关系较远,支持其作为单独的种存在;四川鸢尾(Iris sichuanensis Y.T.Zhao)和薄叶鸢尾(Irisleptophylla Lingelsh.)关系很近,但存在形态区别,支持两者作为不同的物种处理;紫苞鸢尾(IrisruthenicaMaxim.)和矮紫苞鸢尾(Iris ruthenica var.nanaMaxim.)聚为一支,支持矮紫苞鸢尾作为紫苞鸢尾的异名。(3)利用trnL-F数据对扁竹兰和鸢尾居群进行研究,结果表明:扁竹兰种内遗传变异很高,11个居群聚成四支,四个不同分类群的生境没有明显差异,但是形态特征却差异很大,推测扁竹兰在进化演化过程中受生境的影响较少。鸢尾的12个居群也聚为四个类群,其亲缘关系表现出明显的地理分布差异,且表型受到地理分布的影响,地理分布的环境因子中,海拔可能占有重要作用。