21世纪是世界科技迅猛发展、经济全球化和知识经济迅速到来和发展的时代，它吹生了高新技术经济。作为一个新兴主体，高新企业无论是在自有资金、技术、人才因素方面都有着比传统企业的优势，这也逐渐使得高新企业越来越成为我国经济的主角。然而如何使得高新企业在面对这样一种充满未知、风险的市场环境下，提升自身竞争力，降低运营成本，这就要求高新企业必须具有强烈的技术创新意识，抛弃旧的保守管理思想和生产设备，注重企业与高校、科研机构合作，革新生产技术，开发满足客户需要的新产品，因此提升技术创新能力是当今任何一个高新企业在面对金融危机时最重要的企业战略。首先，本文参考了关于高新企业、技术创新两概念的国内外研究文献，回顾、整理与总结了高新企业、技术创新相关理论知识，并对本文所用的系统动力学（System Dynamic）建模工具优势和建模过程进行了介绍。其次，本文对中小城市高新企业技术创新能力系统进行了划分：R&D投入子系统、创新收益子系统，并从政府、企业、市场、科研机构四主体给出了各影响因素。然后，研究政府、企业、市场、科研机构四主体的各影响因素对中小城市高新企业技术创新能力系统的作用效果，并利用Vensim建模软件构建相对应的因果关系图、流程图。最后，利用秦皇岛高新企业技术创新历年统计数据，检验所构建模型的合理性，并通过对两子系统运行结果图的分析，得出提升我国中小城市高新企业技术创新能力的方法。