大鳞副泥鳅,隶属于鲤形目（Cypriniforms）、鳅科（Cobitinae）、花鳅亚科（Cobitinae）、副泥鳅属（Paramisgurnus）,广泛分布在我国各大水系,是我国重要的淡水经济鱼类。目前,我国大鳞副泥鳅的群体遗传学受到了诸多研究者的关注,但多数研究仅局限于某一个流域或两个流域水平。本研究将基于形态学、线粒体基因（Cyt b和D-Loop）和微卫星标记对我国松辽流域、海河流域、黄河流域、淮河流域、长江流域及珠江流域的大鳞副泥鳅群体形态差异、群体遗传多样性、群体遗传结构及群体历史动态进行研究,结果可为大鳞副泥鳅种质保护与利用提供数据支持。研究结果具体如下:1.我国大鳞副泥鳅资源调查和形态学研究本研究对我国大鳞副泥鳅松辽流域、海河流域、黄河流域、淮河流域、长江流域、珠江流域野生群体进行资源调查及形态学比较分析。资源调查结果表明,大鳞副泥鳅自然群体在我国不同流域中均有分布,大鳞副泥鳅表现为负异速生长（b＜3）。基于线性回归分析、单因素方差分析、判别分析、主成分分析与聚类分析等方法对19个自然群体共646个个体的外部可量性状进行形态学比较研究。线性回归分析结果显示,大鳞副泥鳅前驱长(DAC)/体长（LB）与纬度呈负相关（r=-0.78）,尾柄长(LCP)/体长（LB）与纬度呈正相关（r=0.83）。单因素方差分析结果显示,松花江流域和辽河流域大鳞副泥鳅形态相似,差异不显著（P＞0.05）;松辽流域与其它流域在全长（LB）、尾柄长(LCP)及前驱长(DAC)上差异显著（P＜0.05）。主成分分析结果显示,前三个主成分累积贡献率达到62.90%,其主成分1贡献率达到38.10%,这三个主成分主要反映在体高（HB）、体宽（WB）、尾柄高(HCP)、尾柄宽(LCP)。聚类分析结果显示,我国大鳞副泥鳅可分为南北两大支。2.基于线粒体基因的我国大鳞副泥鳅群体遗传学研究基于mtDNA Cyt b基因（534 bp）和D-Loop（510 bp）标记对我国大鳞副泥鳅37个群体中的370个个体的遗传变异进行分析,共鉴定出106个Cyt b单倍型和55个D-Loop单倍型。我国大鳞副泥鳅群体整体遗传多样性水平较高（Hd＞0.5,π＞0.005）,其中南方水系（淮河流域、长江流域和珠江流域）群体的遗传多样性高于北方水系（松辽流域、海河流域和黄河流域）群体。系统发育树和单倍型网络图显示,大鳞副泥鳅各流域之间没有明显的地理谱系分布。IBD结果显示,遗传分化和地理距离之间没有显著相关性（相关系数分别为0.037和-0.062,P＞0.05）。基因流分析结果表明,大鳞副泥鳅各流域之间基因交流频繁,表现出由南向北的趋势。基于中性检验和错配分析得知长江流域大鳞副泥鳅群体可能经历过群体扩张事件,扩张时间为末次盛冰期。3.基于微卫星标记的我国大鳞副泥鳅群体遗传学研究基于12对SSR标记对我国大鳞副泥鳅37个群体共994个个体进行群体遗传学研究,共检测出141个等位基因。在12对微卫星中,有8对微卫星具有高度多态性。我国大鳞副泥鳅群体平均杂合度在0.314～0.410之间,平均期望杂合度在1.052～1.507之间,遗传分化为0.012～0.138,遗传距离介于0.026～0.196,表明我国不同流域间存在一定的遗传变异。基于PCo A、STRUCTURE和聚类树分析结果显示,南方水系（淮河流域、长江流域、珠江流域）群体为一个组群,北方水系（松辽流域、海河流域、黄河流域）群体为另一个组群。AMOVA分析结果显示南北水系之间变异占6.68%,来自水系间群体内的变异占16.90%,个体间的变异占76.42%;IBD结果显示,遗传分化和地理距离之间无明显相关性（相关系数为-0.076,P＞0.05）。群体历史动态分析发现大鳞副泥鳅没有经历瓶颈效应,从而保存了更多的遗传信息。