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本文从南水北调入手，在分析了现状后，认为南水北调东线存在着外部不经济性，扬州作为源头区要承担很大机会成本，有鉴于此，提出在东线流域建立生态补偿机制的建议。
本文的工作主要分为两块，一是通过对生态补偿理论的研究和国内外的经验分析，对东线建立补偿机制的可行性进行分析，确定补偿关系和补偿金额的来源，同时运用外部性理论计算补偿金额。二是通过对东线沿线5个城市的问卷调查，分析普通民众对于南水北调的态度和意见，在此基础上提出完善补偿机制的政策和建议，同时通过对问卷调查的支付意愿分析得出补偿金额对前文所得的理论值进行修正。
根据上文的工作得出的结论如下：
(1)在南水北调东线建立生态补偿机制是非常必要的，也是可行的。
(2)外部性理论计算所得补偿金额经调查问卷的验证的结果基本一致。
(3)进一步加强流域区际民主协商，继续研究流域生态价值，并建立和发展补偿资金营运机制。