在二十世纪发生的重要事件中，转型无疑是突出的事件之一。转型是我国现代化历史进程中的一个特殊时期，涉及到经济社会的方方面面。转型期，我国农业及农村经济面临新的形势，农产品的供求状态、农业的增长方式、农业的发展目标、农业与工业的关系、农业的国际化背景均发生了很大的转变。农业丰则基础强，农民富则国家盛，农村稳则社会安。加强“三农”工作，全面实施农业可持续发展战略，积极发展现代农业，扎实推进社会主义新农村建设，是全面落实科学发展观、构建社会主义和谐社会的必然要求，是加快社会主义现代化建设的重要历史任务。环境问题的出现与经济发展密不可分。农业可持续发展问题的实质是经济、社会发展与资源、生态环境间的关系问题。资源、环境是农业可持续发展的核心和基础，农业可持续发展需要生态安全。不同的社会文明和经济发展阶段、不同的农业生产水平对资源、环境有不同的需求，对生态安全的需求程度、方式和内涵也不尽相同。因此，生态安全既是农业发展追求的一个目标，更是一个过程。研究转型期我国农业的生态安全问题，具有十分重要的理论意义和现实意义。本文首先总结分析了目前国内外关于生态安全、农业生态安全的研究现状，对农业生态安全概念的内涵和外延、研究的具体内容、发展的趋势进行了总结和分析，对农业生态安全问题研究的理论基础进行了归纳和梳理。本文对转型的概念、我国转型的成效、特点内容及其相关理论依据进行了概述，认真剖析了转型对我国农业和农村经济发展的影响，及我国农业农村经济发展在转型期面临的新形势、新任务，发展中需要破解的理论难题和实践难题。从农业资源环境对国家资源环境安全的影响、对农业发展的约束的角度，提出在转型期发展现代农业的过程中，农业生态安全的重要保障作用。对我国农业生态环境演变过程进行了回顾，在回顾中分析了原始农业阶段、古代农业阶段、近代农业阶段、现代农业阶段的农业生态环境和农业发展之间的关系，认真归纳总结了转型期我国农业资源安全、环境安全、生物安全、农产品安全等方面的现状和存在的问题。针对转型期我国农业生态安全存在的具体问题，分别从资源环境经济学、发展经济学和制度经济学，运用相关理论，如资源环境价值理论、资源环境利用的外部效应理论、资源环境的稀缺性理论、经济增长理论、环境库兹涅茨曲线、可持续发展理论、托达罗模型、市场失灵、政府政策失灵、政府管理失灵等，结合我国农业生态安全的实际，对现实存在的问题进行了深入的剖析，为进一步认识农业生态安全问题产生的根源提供了理论基础。在分析国内外农业生态安全评价相关研究的基础上，本文根据PSR模型初步构建了农业生态安全的评价指标体系，选择确定了三大类、七亚类24个具体指标，利用层次分析法确定指标权重，建立数学模型，应用改进的主成分投影法进行相应的评价。并据此方法，对黑龙江省13个地市的农业生态安全进行了地域分异评价，并对评价结果进行了分析。本文利用系统流图法对农业生态安全系统的生产系统、消费系统、环境自调节系统、隐含的干预系统、他系统进行了分析。在分析的基础上提出了保障农业生态安全的具体对策建议。即：保障转型期农业生态安全的基本前提——增强环境自调节能力；保障农业生态安全的根本途径——改变发展方式；保障农业生态安全的关键所在——转变消费模式；保障农业生态安全的重要补充——强化干预能力；保障农业生态安全的有效支撑——有效整合协调他系统。提出要通过大力推行生态恢复和建设，加强环境污染治理来增强环境自调节能力；通过确立新发展观，推行清洁生产和循环经济，大力发展现代新型农业来改变发展方式；通过确定绿色消费模式最大限度发挥系统关联性，从而实现消费系统对农业生态安全系统的主导作用；通过政府相关宏观配套政策创新，建立生态资本市场，完善环境信息公告制度，强化公众监督，加强宣传教育，树立环保理念来增强政府、社区、市场、个人对农业生态安全的干预能力；通过实施生态系统管理，加强环境保护领域里的国际合作，有效整合协调他系统来实现对农业生态安全的有效支撑。