经过20多年的改革与发展，我国农业已告别了农产品供给长期短缺的年代，开始步入总量基本平衡、丰年有余、部分农产品供给过剩的新的发展阶段。在农业发展的新阶段，培育和创新农产品流通组织制度成了当务之急，业已成为理论界研究的热点问题。本文在现有研究的基础上，对农产品流通组织进行了重新界定，讨论了其功能，分析了其组织制度效率及影响因素、组织制度的创新机理等，并试图设计出农产品流通组织制度创新方案。 在我国现有农产品流通组织中，产销一体化组织的发展具有不规范性、不稳定性和松散性。合作经济组织是农产品流通组织的重要组成部分，但当前我国的合作经济组织多是社区集体经济组织，具有严重的行政色彩，且组织中农民能够自主决策的重大事务也比较少。农民经纪人是近几年发展的比较火热的中介组织，但是也存在问题，他们要想发展，必须走联合的道路。农产品批发市场是政府和理论界普遍认可的农产品流通组织，具有很大的发展潜力与广阔的发展前景。 21世纪是知识经济时代，农产品流通组织的总体发展趋势是一体化、网络化、管理的高效化与知识化、经营的企业化、购销的订单化等。文中结合现有农产品流通组织的现状，并考虑到农产品流通组织发展的总体趋势，认为我国农产品流通组织创新的总体思路应是：①“市场内部化”和“内部市场化”；②将农产品批发市场作为整个农产品流通组织建设的中心环节；③将各种农产品流通组织整合为一体化组织。按照这一总体思路，在现有的交易费用理论、供应链链状模型、供应链网状模型的基础上，将现有农产品流通组织体系的理论框架进行创新，提出了创新的组织框架。创新框架中将农民经纪人、农民运销商、供销合作社、农业协会等中介组织整合进农产品批发市场，让其成为农产品批发市场呈现在生产者以及消费者面前的窗口。农产品批发市场按照交易方式分为四种类型：对手交易、期货交易、拍卖交易、网上交易，每个批发市场可以采用2-3种交易方式，也可将这四种交易方式都纳入。农产品深加工企业与批发市场共同发展，双方互为需求者与供给者。创新框架的运行条件为：(1)高效的农产品流通信息体系；(2)发达的物流配送体系；(3)能干的企业家；(4)优质、安全的农产品；(5)政府的扶持。这种创新框架的意义在于：第一，减少了许多流通的中间环节，实行供应链管理，可以节约交易费用和组织运行成本，减少农产品流通时间；第二，使农产品价格更加趋于合理化；第三，有利于批发市场各项功能的发挥；第四，有利于提高农产品的品质、安全度；第五，能有效解决当前农产品流通中存在的问题。 农产品批发市场是农产品流通组织制度建设的中心环节，起着农产品流通的中心枢纽作用。基于其重要性，文中对批发市场进行了专门研究，认为批发市场在发育过程中开始出现订单化、网上虚拟交易市场、电子商务、向股份制改造等新特征，梳理出其发展过程中的场内配套设施落后、布局不合理、管理混乱、缺乏自我发展的动力、缺乏组织制度创新的动力等问题与缺陷。最后，分别从政府与流通组织自身两个角度提出问题的解决方案。 政府的功能是提供政策服务及对经济的宏观调控。政府在农产品流通组织制度变迁中发挥着非常重要的作用，如果其制度变迁是强制性变迁，则政府就充当着制度变迁的主体；如果是诱致性制度变迁，则政府应是其变迁的动力，为其提供政策支持，提供资金服务等。政府在农产品批发市场的建设与发展中，应退出市场开办者的角色，将开办权让位于企业，政府做好对批发市场的监督、对批发市场的总体规划与布局、为批发市场提供公共物品、提供制度服务、提供资金支持等工作。