随着经济的发展,国际贸易关系逐渐复杂化和多样化,各国间的依赖性增强。WTO的出现,使得经济全球化的浪潮席卷了全世界,而区域贸易协定(Regional Trade Agreements,以下简称"RTAs")的出现,使得各种贸易关系能够得到更加合理且有效的处理。各个相对独立的经济体联系更加紧密,他们促进着、同时却又阻碍着经济全球化的脚步。WTO有其独有的争端解决机制,其目标和功能是保护各成员方的权利和义务。然而,各个区域贸易协定也拥有各自的争端解决机制,它们与WTO的争端解决机制也许运作方式不同,但都以保障成员的权益为目标。国际争端的解决日益司法化,但各种国际裁判机构却是各自为政,它们之间的相互协调成为了一个引发广泛关注的问题。由于RTAs与WTO所承诺的实体权利义务有所不同,会产生争端解决机制管辖权的冲突。冲突的具体原因还包括,RTAs与WTO在对人和对事管辖范围上有重叠性,管辖权模式有差异性,国际法对这一争议问题规定的不完善等,当然RTAs与WTO争端解决机制管辖权冲突产生的直接原因还是争端当事方先后向不同的争端解决机构进行了申诉。RTAs与WTO争端解决机制的管辖权一旦产生冲突,就会出现诸如挑选法院、平行诉讼、相互承认裁决方面的冲突。挑选法院和平行诉讼,确实保障了当事方的诉权,但是也产生了司法效率降低、耗费争端方精力和费用等各种问题,给当事人带来了许多不便之处,特别是对于发展中国家的争端当事方而言,无疑是一个巨大的负担。平行诉讼时一旦产生了冲突的裁决,就会出现两个裁决相互承认的问题,以及现实中如何执行的问题。解决RTAs与WTO争端解决机制管辖权冲突,需要遵循三大原则：当事人意思自治原则；自我约束原则；一事不再理原则。解决RTAs与WTO争端解决机制管辖权冲突的方法主要包括：排他管辖、协议管辖、专属管辖等。此外,遵循先例也是根据国际法惯例提炼出来的方法。这几种解决管辖权冲突的方法各有特色。上述的解决冲突三大原则可谓贯穿于各种方法之中,掌握了原则,亦可推导出解决问题的方法。存实践中.欧盟内部的争端解决机制是最完备的,成员多是将争端诉诸于欧洲法院；北美自由贸易区依据不同的争端类型,规定了不同的争端解决机制；而中国——东盟自由贸易区的争端解决也有专门规定,但仍在探索中前进,不断完善；亚太自由贸易区正在由愿景迈向实际,可向诸多已建成的区域贸易组织借鉴经验。总之,一个区域贸易协定之中,由于缔约国家相对于全球性的国际组织来说,成员是较少的,所以在一些特别事项之上更易达成一致,这为贸易自由化提供了良好的契机。如何去把握好这一契机并加以利用,而不是让争端解决机制管辖权之间的冲突葬送区域贸易协定所带来的一切便利和优势,是值得深思的。应当根据具体情况灵活运用各种原则以及解决方法,借鉴有丰富经验的区域贸易协定的解决问题方法,再结合自身实际情况,探索出一条解决自身所在的区域贸易组织和WTO之间的争端解决机制管辖权冲突的独有路径。