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本研究采用基于COI基因的DNA条形码技术和微卫星分子标记技术对草鱼个体识别进行研究,为后续草鱼育种养殖提供理论基础。传统酚-氯仿法是提取DNA的一种常用方法。该法的优势是DNA提取量大,但质量偏低,且传统法提取DNA通常选取样本肌肉或血液,对样本伤害极大。本研究在传统酚-氯仿法基础上进行改良,结合Tris饱和酚不含醌等氧化物、Chelex 100法提取DNA时间短的优势,优化获得一种以鱼鳞为原材料的,改良DNA提取法。此法所提取DNA效果明显优于传统法,并通过PCR实验显示,所提取的核基因和线粒体基因都可用于后续各类研究。COI又称细胞色素C氧化酶亚基I(cytochrome c oxidase subunit I),COI基因(cytochrome oxidase I)即为线粒体DNA上编码该亚基的基因,长度大约600bp,主要用于物种鉴定或生物系统发育研究。通过使用Dnaman等生物软件,对草鱼COI基因序列比对分析,了解草鱼COI基因之间相互关系,进一步探讨基于COI基因的DNA条形码技术在草鱼个体识别方面的可行性。结果显示,草鱼COI基因片段大小约为1440bp,碱基T、A、C、G的平均含量分别为30.2%、27.1%、25.0%,17.7%呈依次递减趋势,其中G的含量明显低于其它的含量,表现出很强的碱基组成偏向性。9尾草鱼COI基因序列共有24处碱基突变,在序列第280-440bp之间和第1300-1410bp之间分别有7个和6个突变位点,属于突变频率较高区段,可考虑作为DNA微型条形码。各草鱼之间的遗传距离为0.1-0.6%,平均遗传距离0.39%,小于同一物种内遗传距离的临界值2%,因此线粒体COI基因作为DNA条形码技术目的基因,不适用于草鱼的个体识别。微卫星又称简单重复序列(simple sequence repeats,SSR),存在于绝大多数真核生物的基因组中。利用微卫星突变率高、中性DNA、存在广泛且序列两端的保守性较好等特点,微卫星分子标记技术被广泛运用于各种生物领域。本研究利用该技术将少量多态性丰富的微卫星位点排列组合,从85对微卫星引物进行筛选出8对多态性较好的引物(HLJC115、HLJC104、HLJC107、13118、HLJC2、HLJC111、HLJC9和HLJC126),分别用于11尾草鱼样本和63尾草鱼样本的个体识别,11尾草鱼样本共扩增出19对等位基因,平均每个位点含4.75对等位基因,等位基因数目范围2-7之间。63尾草鱼样本共扩增出38对等位基因,平均每个位点含6.33对等位基因,等位基因数目范围4-9之间。研究结果显示微卫星分子标记技术对小范围样本(11尾)或大范围样本(63尾)的草鱼,个体识别率均可达100%。