大黄鱼与银鲫分别是中国海水与淡水重要的经济鱼类。由于大黄鱼野生资源逐步枯竭而养殖大黄鱼出现了经济性状退化症状，本文作者利用分子标记对大黄鱼的野生与养殖群体遗传结构进行分析对比，以提供指导性意见。而银鲫不单是中国重要的淡水经济鱼类，也是一种兼具雌核发育与两性生殖两种生殖方式的独特三倍体鱼类。但目前缺乏对银鲫自然资源的系统调查与遗传学背景分析。为了开发新品系以及了解这一独特物种的演化历史，本文作者利用微卫星标记对现保种品系进行鉴别，并开展野生资源初步调查。　　 本研究依据研究对象不同分为两大部分。在大黄鱼的研究中，本文作者首先利用一种高效的构建基因组富集文库筛选微卫星的方法(FIASCO方法)分离出微卫星标记，设计了15个特异性引物，并对所有引物进行了检测。所有微卫星引物均具有多态性，多态性信息含量值(PIC)平均为0.693，高于0.5，适宜应用于大黄鱼的群体遗传学研究。　　 获得适用的微卫星标记后，利用其中12个微卫星标记，以及4对AFLP选择性引物对官井洋大黄鱼的一个野外捕捞群体和三个养殖群体进行分析。结果表明，虽然大黄鱼野外捕捞群体较养殖群体具有更高多态性，但整体而言所有群体遗传多样性均偏低。由于所有四个群体均显著偏离哈迪-温伯格平衡，且表现为杂合子缺失，本文作者认为大黄鱼的野外捕捞群体与养殖群体均出现了的自交现象，并经历遗传漂变。依据两两群体间平均遗传分化系数Phist(0.0815)显著，以及对AFLP结果的AMOVA分析我们认为大黄鱼的野外捕捞群体与养殖群体以及不同的养殖群体之间均出现了显著的遗传分化。此外依据AFLP数据计算Bartletts系数表明养殖群体的遗传结构相似，而养殖与野外捕捞群体的遗传结构有显著差异。所有结果经分析说明养殖行为已经造成了野生以及养殖大黄鱼多态性的下降以及一定程度的遗传分化。　　 在银鲫方面，本文作者使用数据挖掘和FIASCO法构建富集文库两种方法从银鲫中开发微卫星标记109个，并设计微卫星引物19对，利用这些引物对本实验室所保种的(A，D，L和F)四个雌核发育克隆系进行鉴别研究并在二倍体鲫鱼中进行扩增，其中12对可以区分全部品系，2对可以区分部分品系，5对不能区分任何品系。从多微卫星位点基因型上看，所有四个品系体现出了品系内的高度遗传同质性以及品系间的遗传异质性。从两两克隆系间遗传距离以及UPGMA构树结果可以看出，D与L遗传距离最小，而与F距离最大。在鲫鱼中扩增结果表明除YJ0022不能获得可数条带外，其余18对引物均在二倍体鲫中获得稳定扩增结果，并且有14对引物具有多态性。它们可以被用于研究银鲫与鲫鱼在进化上的关联。　　 利用12个微卫星标记对黑龙江方正县双风水库，新疆额尔齐斯河，河南淇河，湖北石首老河口长江故道，以及江西军山湖这六个代表性地理群体的银鲫进行初步的克隆多样性调查，从292个个体中鉴定出108个克隆系。此外，还采集了湖北石首老河口长江故道与江西军山湖两处的二倍体鲫鱼。通过比较分析认为目前长江流域存在天然银鲫，同时也有相当比例养殖银鲫渗入天然群体中，并且银鲫在天然水体中可能主要行两性生殖。研究结果支持淇河银鲫来自中国江汉平原区系的二倍种的假说，并进一步认为新疆银鲫也发源于长江流域，但不同银鲫地理群体起源不同。