发达国家利用其先进的生物技术对遗传资源进行生物开发利用获得巨大的经济利润,而作为遗传资源的原产国和提供国为其提供生物技术的基础——独特的遗传资源,应当在此过程中分享惠益。我国尽管拥有丰富的生物遗传资源,但自主生物技术水平尚不能满足对这些资源的有效利用的需求。因此,通过国内立法保护遗传资源,增加我国在谈判协商时的主动性,确保我国能够公平分享遗传资源利用之惠益,是基于国家资源优势和利益考量制度安排。本文通过对国外立法实践的考察,并从法理、经济、哲学和历史经验等视角,阐述了现阶段采用专利制度形式保护遗传资源的合理性和过渡性。对新修订的《专利法》和《专利法实施细则》中关于遗传资源保护相关条款的局限性进行了提示。就我国遗传资源保护制度安排,本文认为,首先我们要明确遗传资源国家主权的原则,确定遗传资源权的权属,成立国家遗传资源管理委员会,处理专利申请所涉及到遗传资源的管理实务。其次,在确定遗传资源权属后,对属于我国的遗传资源,在专利申请之前,专利申请人除了要履行我国现行专利制度规定的将生物材料保藏在国家专利行政部门认可的保藏单位、并提供保藏证明和存活证明,还要提供国家遗传资源管理委员会出具的遗传资源登记和惠益分享协议。惠益分享协议的签订是由国家遗传资源管理会出面,本着合理公平的态度以专利申请人受让遗传资源使用权形式或者以遗传资源的原产国和提供国必须参与到遗传资源的开发利用活动等形式作为惠益的内容。最后,在遗传资源的专利侵权方面,除了常见的遗传资源专利的直接侵权可以适用现行的《专利法》,但是涉及到我国法律没有规定的遗传资源的专利间接侵权,特别是向他人提供遗传资源,帮助他人完成专利侵权的行为,可以选择适用违约责任和专利侵权责任。违约责任依赖于惠益分享协议中违约条款,专利侵权责任就需要国内立法的规定。《专利法》中对专利侵权责任的计算标准是以权利人因被侵权行为所受到的实际损失为标准,同样适用遗传资源的间接专利侵权：以权利人因被侵权行为所受到实际损失确定,即以履行惠益分享协议中所获利益为根据。除此之外,可以在专利申请前的遗传资源获益分享协议的谈判阶段和遗传资源专利侵权认定过程中,引入专家的鉴定意见。虽然最终要制定完整的遗传资源管理体系来保障遗传资源的原产国和提供国的利益,但是现阶段最有效的方式是通过完善专利制度解决我国遗传资源流失严重的紧迫问题。