优化治理结构、完善治理机制是高校发展的永恒主题。在大学的宏观管理目标确立之后,实现学校发展目标的主体则落在了学院。我国高等教育的大众化发展推动了高校的学院制改革,一些地方高校在从教学型大学向教学研究型大学转型中,为提升学校整体办学活力,充分激发基层在教学科研及学科建设方面的积极性,纷纷在探索校、院、系三级体制改革,但在实际的运作过程中,仍存在着校与院系、院系内部的权责不明,院系的积极性和主体功能未能充分调动和实现等问题,院系治理的有效性问题凸显。就组织结构和属性而言,院系与大学是一种隶属关系,但院系又有自身的规定性,有其自身的权力结构和运行机理。院系是大学以学科专业为基本依据建立的最重要的二级实体组织,是学科建设发展的直接载体和责任主体,由于院系治理兼具宏观与微观、部分与整体的统一特性,院系治理既是大学内部治理的重心和载体,又是大学内部治理的最终落脚点,院系治理能力现代化是大学治理能力现代化的关键。本论文着眼于国家推进“双一流”建设和治理能力现代化的新形势,克服既有研究中对高校院系微观治理研究关注不足的局限,以治理理论和利益相关者理论为分析工具,运用文献法、比较法、调查法、规范分析与实证分析相结合等研究方法,重点考察国内地方高校在探索校院系三级体制改革过程中院系治理存在的突出问题,并通过对世界一流大学院系治理模式的考察和比较,结合我国一流大学院系治理的试点实践,通过深刻比较,提出:以正确认识大学作为学术性组织的本质特征、处理好大学法人实体和院系学科专业主体关系的理念为指导;着眼于三个关键自变量:组织结构、制度体系、运行机制,从三个维度探讨如何厘清学校和院系的权责关系,构建基于大学章程的三级主体责权利划分的制度体系;探讨科学安排行政权力和学术权力在校、院、系的配置及运作模式;构建多维协调互动的院系内外部治理体系;以及宏观探讨如何将目标管理、过程管理、微观管理责任有效落实到院系,建立刚柔相济的考核、监督和激励机制等优化地方高校校院系三级体制改革下院系治理的对策建议。全文共六章。遵循基本的学术论文架构“绪论—概念界定与理论基础—问题的背景剖析——存在的主要问题——国内外经验借鉴——策略优化——研究总结与展望”,本文在国家全面深化高等教育领域的综合改革中是一个探索性的研究,取得了一些新的认识成果,可为政府教育行政部门、高校办学主体、高校治理内外部利益相关者提供一定的参考和借鉴;但也存在一些局限和不足,期待在未来学术探索中继续完善和深化。