近年来,三农问题日益严重,困扰着全国。在此背景下,国务院国土资源部制定了《关于加强农村宅基地管理的意见》,再次重申完善和落实宅基地使用权登记制度。由此也可以看出,我国正积极推进农村宅基地使用权登记工作。本文在我国土地制度与城市化过程相互影响机制的大背景下,立足于我国不动产登记的法理基础对宅基地登记发证工作过程中产生的一系列问题做了深入分析,以宅基地对农民的重要性和使用价值为线索,全面归纳了我国农村宅基地登记制度的现状和问题,分析了我国几大转型时期土地制度设定下土地利益格局的变动趋势和困境,映射出了农村各要素运动格局的反常态势及其对城市化的不利影响。针对上述问题的分析和研究,本文试图构建一个相对完整地宅基地登记制度,通过统一登记模式、登记主体、确立登记机关、完善登记赔偿等制度对宅基地登记制度进行规则设计和内容设计,力求对上述一系列问题的解决提供参考,以求平衡宅基地使用权和所有权人的利益,确保相关法律的规定和现实产生的冲突得以缓解,从而完善宅基地上私权流动的方式和方法,最终保护农民的合法权益,实现利益共享。