2000年《种子法》的颁布实施打开了中国种子市场的大门,蓄势已久的跨国种业公司陆续进驻我国种业市场,从最初的花卉、蔬菜种子市场逐渐进军到大田作物种子市场,主要通过并购方式迅速在我国扎根发芽。推动跨国种业公司在我国境内进行并购的因素主要在于跨国并购的积极效应、跨国公司母国的政策与法律支持,以及我国的种业环境为跨国种业公司提供的契机。现阶段,我国种业发展面临着种子市场价值高而国际市场份额低、种企数量众多而竞争力低下、跨国种业公司并购引发种业垄断风险等严峻形势。跨国种业公司并购的反垄断法规制具有一定理论基础,出于消解跨国种业公司并购反竞争效果的需要、促进现在与未来我国种业发展的需要、保障与种业相关的国家经济安全的需要、兼顾我国现阶段种业政策的需要体现了反垄断法规制的必要性与重要性;垄断优势理论、产品生命周期理论及内部化理论构成的跨国并购的基本相关理论;产业组织理论、有效竞争理论、消费者利益的保护、国家经济安全的维护构成了反垄断法相关理论。我国反垄断法对跨国种业公司并购行为规制的主要制度包括申报制度、审查机制与豁免规定,以营业额为主的申报标准、事前申报程序与相关法律责任构成了申报制度的核心,以实质竞争损害效果为标准的审查、市场份额与市场集中度等在内的考量因素、反垄断审查及国家安全审查的衔接与审查程序形成了审查机制,而并购企业抗辩的一般性规定与农业领域豁免的特殊性规定体现了跨国种业公司并购的豁免规定。我国反垄断法对跨国种业并购行为规制的不足主要体现在申前咨询与申报时间的不确定形成的跨国种业公司并购的预警机制的欠缺,与一般领域内企业并购相比下跨国种业公司并购的申报标准的不足,跨国种业公司并购的审查机制中国家安全审查问题,跨国种业公司并购的豁免规定存在有限豁免的扩大化与附条件限制的选择的局限性。在加强跨国种业公司并购的反垄断法规制方面,明确申前咨询制与较早的申报时间利于形成跨国种业公司并购的预警机制,可以确立相对较低的跨国种业公司并购的申报标准,在坚持严格有限豁免原则下加大附条件限制力度,强化跨国种业公司并购案件中的国家安全审查,以及设立专业的服务机构。