随着社会的发展,我们已经进入了知识经济时代,知识产权的保护显得尤为重要。制药行业是举世公认的朝阳行业,同时也是高新技术行业,是对科技研发依赖程度最高的领域之一,因此特别依赖于知识产权的保护,视知识产权为其生命线，且药品的研制是一项高风险、高投入活动,涉及大批人才和技术的应用,包含了大量的人类劳动。此外,药品还是与人类生命健康息息相关的特殊商品,是人类生存发展必不可少的产品。或许此前在讲到公共健康危机时并不会引起我们太大的兴趣,觉得公共健康危机离我们非常遥远,但是近年来“SARS”、禽流感等流行性疾病的肆虐,让我们开始担忧整个人类的生命健康问题,也因此特别关注药品的研发与生产问题,此时再来探讨对药品进行知识产权保护就有着非常重要的时代意义。专利作为知识产权的一种重要形式,其具有保护范围广、保护力度强且其独占性强的特点,成为保护技术发明的根本手段,在科学技术的创造发明中有着非常重要的作用。药品行业作为高新技术应用最为广泛的行业之一,对其进行知识产权的保护也主要集中在专利权的保护之上本论文从药品的基本概念以及药品研发的特征入手,结合我国现有的药品知识产权保护制度,对我国药品专利保护的法理基础作出分析,提出了药品专利保护的正当性。并分别比较了美国、日本和印度的药品专利保护制度,选择美国作为比较对象之一是由于美国是目前世界范围内对药品的专利进行保护制度比较完善的国家；日本作为比较对象之一是因为它与我国在历史文化上具有同源性,在相同的文化背景下,同样应用传统中医药的现实情况,并且其在汉方药的保护上为我国树立了一个很好的榜样；而印度与我国同属发展中国家,在全球化进程中处于同样的地位,且印度也同样拥有其特色的传统医药,在面对国际药品专利水平高度发达的情况下,印度基于本国利益的考虑,灵活运用国际条约中的不完善规定为本国的药品制造行业撑起一片生存的空间,这对我国目前在纷繁复杂的国际环境面前,如何有效利用国际条约,建立完善的药品专利保护制度,对我国药品行业的发展有着重要的借鉴意义。虽然我国药品的专利制度保护起步较晚,但发展迅速,可以说已经拥有了比较完备的法律制度体系,为保障我国的药品行业的发展起到了很大的促进作用。此外,本文详细的阐述了我国药品市场的特殊之处,即中、西并行的局面,并分析了现有制度对药品知识产权保护的利弊,在此基础上,提出了中、西药专利分不同的标准进行保护的建议,以更好的保护我国的药品专利,既激励药品研发制造者积极研发新药,同时又保障人民群众的身体健康。