新建本科院校是随着我国高等教育大众化的发展，通过“院校合并”、“专升本”等途径升格而成。受历史原因和现实条件的限制，广西新建本科院校面临着诸多问题和挑战，尤其是在“区市共建，以市为主”管理体制下教育经费短缺问题极为突出，严重影响了学校建设和教学科研的正常开展。首先，在高等教育大众化等理论指导下，分析高等教育经费投入的合理性和必要性。其次，从教育经费的来源、构成、总量、供需现状等对新建本科院校的教育经费投入情况进行梳理，提出广西新建本科院校教育经费投入存在的主要问题。最后，在理顺“区市共建，以市为主”管理体制的前提下，从提高财政性经费的使用效率和拓宽非财政性经费的渠道二个角度提出新建本科院校教育经费多渠道投入的改革创新思路，具体对策包括继续巩固和发挥政府财政投入主渠道作用、完善高等教育财政拨款体制、还应合理利用银行、企业、捐赠、教育资本化等筹资渠道筹措资金等措施，稳步提高新建本科院校教育经费投入的总量。