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本研究通过PCR扩增和克隆测序的方法获得了果蝇属二十多个种的序列。序列分析表明：mRpL11基因的转换数多于颠换数，比值约为1.2；ase基因的颠换数略大于转换数，比值约为0.95。mRpL11基因的同义替换/异义替换(Ks/Ka)值远大于10，低的Ka值说明果蝇属的mRpL11基因在进化过程中可能承受着较强的选择压力。ase基因的研究发现D.melanogaster，D.simulans，D.sechellia，D.mauritiana，D.erecta这五个种相对于黑腹果蝇种亚组(melanogaster subspecies)的其他种少了一段编码谷氨酰胺的序列，数据表明片段丢失可能发生在D.melanogaster，D.simulans，D.sechellia，D.mauritiana，D.erecta这五个种的ase基因的进化过程中。
以Aedes.aegypti做为外群，分别用最大简约(MP)法、邻接(NJ)法、最大似然(ML)法和贝叶斯法根据每个分子标记的序列构建果蝇属系统发生树，探讨果蝇属的系统演化以及种间进化关系。两个基因的构树结果都显示：果蝇属分为两大支，一支是果蝇亚属，另一支是水果亚属。在果蝇亚属中首先分化的是Hawaiian种组，接着是virilis种组和replete种组。在水果亚属中，obscura种组(D.persimilis和D.pseudoobscura)最先分化，接着是melanogaster种组。melanogaster种组中ananassae种组最先分化，montium种组次之，东方种亚组melanogaster-suzukii-takahashii-ficusphila-eugracilis-elegans最后分化。另外melanogaster复合种中，D.simulans和D.mauritiana亲缘关系最近。