交通运输业“营改增”从试点到全国推广过程中出现部分企业税负“不减反增”现象，背离了此次税改的“改革试点企业税负不增加或略有下降，基本消除重复征税”原则。交通运输企业“营改增”后划分为增值税一般纳税人和小规模纳税人，文章通过对小规模纳税人企业进行分析得出“营改增”后小规模纳税人整体税负会一定程度的增加；而对增值税一般纳税人的税负影响分析是以交通运输业“营改增”试点地区上市公司流转税负、所得税负以及整体税负情况为研究对象，以试点地区沪深上市公司对外发布的财务报表以及地方、国家统计局公布的相关数据为研究依据，选择流转税负率、所得税负率、整体税负率为衡量指标，计算出税改后2012年、2013年的上述指标数据与税改之前的上述指标数据，通过分析发现：上海市试点地区2012年整体税负较2011年有所增加、2013年较2012年有所减少；试点扩围阶段2013年的整体税负较2012年有所下降；2013年的第四季度整体税负较2012年有一定程度的减少；整个试点过程中部分企业税负有所增加。然后利用敏感性分析法、临界值分析法、效应分析法分析部分企业税负增加的原因主要是：可抵扣进项税额少、税改后税率变高、固定资产更新周期长、企业所得税可抵税费用相对减少、一般纳税人认定标准不合理等。由此认为政府应该考虑适当降低交通运输业增值税率、增加企业所得税可抵税费用、合理设置纳税人认定标准；而企业则可以通过外包非核心业务、转换合同形式、转换劳务的提供形式、固定资产纳税筹划等措施来降低税负。