众所周知，刑事鉴定意见在刑事诉讼中具有举足轻重的地位，其对立案、侦查、起诉、审判均有重要影响。根据刑事鉴定意见，可厘清罪与非罪、此罪与彼罪的问题，对定罪、量刑有重要意义。然而近年来，有关刑事鉴定意见的争议不断，重复鉴定、多头鉴定层出不穷，从轰动一时的“黄静案”、“代义案”、“连丽丽案”等案件可以看出：对同一事项进行多次鉴定后，不同鉴定机构或鉴定人常常会得出不同的鉴定意见。由于刑事鉴定意见关涉是否立案、是否需要追究犯罪嫌疑人刑事责任的问题，如此前后不一的刑事鉴定意见，难免会引起人们对刑事鉴定意见科学性的质疑，特别是在突发且疑似非正常死亡的“可疑案件”中，家属一般很难接受不利于己的职权鉴定意见。此时，家属若质疑职权鉴定人的鉴定意见，则易产生鉴定冲突，且动辄上访、闹事，甚至以之为导火索，引发暴力性的群体事件。对此，学者们都致力于去寻求刑事鉴定争议的解决办法，而新建立的专家辅助人制度正能在一定程度上解决这个难题。从理论上讲，刑事诉讼中的专家辅助人制度不仅能加强当事人和控辩双方的质证、辅助法官认证，而且还能从一定程度上缓解鉴定争议，减少重复鉴定、节约诉讼资源。但该制度在我国现有司法环境下能否发挥其应有的效用还有待考证，盖因刑事鉴定意见的争议主要集中于侦查机关的初查或侦查阶段，且影响较为深远，社会关注度较高。而新刑事诉讼法仅在庭审阶段规定了专家辅助人制度，并未对侦查阶段是否能引入该制度加以规定，故为更好地解决刑事鉴定意见的争议问题，有必要对其他诉讼阶段的专家辅助人制度加以探讨，本文选题正是因此而得。本文共分为三个部分：第一部分是对刑事鉴定意见争议进行分析。首先，对我国当前刑事鉴定意见争议的现状进行概括；其次，深层剖析刑事鉴定意见争议产生的诉讼阶段、争议的主要类型、争议产生的原因，并对其产生的影响进行归纳总结。最后，根据分析得出结论，即：我国当前的刑事鉴定意见争议主要发生在侦查机关的初查或侦查阶段，且主要集中于死因鉴定、人身损伤程度鉴定、犯罪嫌疑人或被告人的精神病鉴定等较为倚重鉴定人的专业经验及分析判断为主的鉴定类型。引发鉴定意见争议的原因是多方面的，既有鉴定人、当事人的原因，也有当前鉴定标准及制度的原因。第二部分是对刑事诉讼中专家辅助人制度进行全方位的剖析。该部分主要是在阐述刑事诉讼中专家辅助人制度及专家辅助人制度的历史沿革的基础上，深入分析刑事诉讼中建立专家辅助人制度的必要性，并对该制度在实践运行中遇到的问题及解决对策加以全面概括，同时对专家辅助人的自身定位问题及专家辅助人的职业素养问题等加以探讨，以对刑事诉讼中专家辅助人制度有一个全面的了解，为第三部分的运用分析起到铺垫作用。第三部分主要阐述刑事诉讼不同阶段专家辅助人制度的运用。该部分的主要目的在于论证侦查阶段的鉴定程序应该建立合理的专家辅助人制度。首先论证庭审阶段专家辅助人的功能与局限；其次，阐释侦查阶段的鉴定程序建立专家辅助人制度的理论分析与实践评析；最后，重构侦查阶段的专家辅助人制度。以作为当前刑事鉴定意见争议的解决途径。