内生真菌（Endophytic fungi）是指生活在活体植物组织内部，但不会对宿主植物造成明显负面影响的一类真菌。内生真菌以其特殊的生态地位以及特殊的生物活性物质为研究天然产物提供了一种全新的思路。同时，内生真菌通过与宿主的协同作用，在宿主植物适应栖息地和周遭环境改变的过程中发挥了重要作用。本研究以乌鲁木齐市鲤鱼山药植园中的人工种植的新疆阿魏、阜康阿魏和羊食阿魏为预实验材料，确立了药用阿魏属植物的内生真菌分离方法；并在此基础上对多伞阿魏、阜康阿魏、大果阿魏、新疆阿魏、里海阿魏及羊食阿魏六种药用阿魏属植物的根、叶及茎中的内生真菌进行了分离、鉴定；通过Shannon-Wiener多样性指数、Margalef丰富度指数、均匀度指数和Sorenson系数等对这6种阿魏属植物中内生真菌的分布、多样性及偏好性进行了分析。实验结果如下：1.药用阿魏属植物内生真菌的最佳分离方法：75%的酒精消毒1min后，用3%次氯酸钠消毒5-8min，置于麦麸培养基分离，最后用PDA培养基纯化。2.本研究分离得到内生真菌337株，结合形态学特征和分子生物学方法鉴定，可分为38个属，以链格孢属、短梗霉属及镰刀菌属为优势菌群。从不同品种阿魏植株来看，新疆阿魏中分离到的内生真菌最多；从阿魏植株的不同分离部分来看，根中分离到的最多；从不同年份阿魏植株中分离到的内生真菌的数目来看，1-2年生的药用阿魏属植物中分离到的内生真菌最多。3.阜康阿魏根中分离出来的内生真菌Shannon-Wiener多样性指数（H′）最大，达到1.85。羊食阿魏叶和新疆阿魏叶的内生真菌菌群相似性最高，相似性系数达到0.75。不同品种药用阿魏属植物及其不同年份植株和植株不同部位中的内生真菌在分布、多样性和相似性等方面也存在差异，说明六种药用阿魏植物中的内生真菌具有一定的物种专一性、年份专一性和组织专一性。