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荷花(Nelumbo nucifera Gaertn),是中国传统十大名花中唯一的水生花卉,具有十分重要的食用、观赏、药用等价值。在长期的自然选择及悠久的栽培历史过程中,荷花出现了繁多的品种。为对荷花种质资源的充分利用,各类形态学、DNA水平上的特征相继应用于荷花种质资源的相关研究,但研究目的各有偏重,结论也有差异。鉴于云南荷花种质资源较为匮乏以及为对荷花种质资源的充分利用,首先,本研究以引种栽植于昆明地区52个荷花品种为材料,采用物候期观测,形态观测方法,对其在昆明地区的适应性进行分析探索,进行适应性研究是引种过程中的重要内容,可为昆明地区荷花引种栽培提供指导。其次,以94份荷花材料为研究材料,采用InDel、EST-SSR和SSR分子标记,对94份荷花材料的遗传多样性、亲缘关系进行分析比较。掌握其DNA水平上的遗传差异和亲缘关系,可为其分类、保存、育种研究、推广应用等提供参考。主要结果如下:(1)通过对引种52个荷花品种在昆明地区适应性观测,结果显示有44个品种在昆明地区表现适应性良好。筛选出‘雅育红11号’、‘巨无霸’、‘神女姿’等26个优良品种;‘烟笼夜月’、‘大足红莲’、‘龙飞’等18个较优良品种,这可为荷花在昆明地区的推广应用提供良好理论基础。另外在第一年适应性表现较差的品种有8个:‘锦红袍’、‘千瓣莲’、‘朱衣使者’、‘陶然一笑’、‘红台莲’、‘秋玉’、‘剑舞’、‘秣陵秋色’。适应表现较差的品种主要体现为不开花,需要进行持续观测。(2)利用20对InDel引物检测到66个等位基因,平均基因多样性指数0.5233,多态性信息含量在0.2213~0.7381之间,平均值0.4369。表明InDel标记所揭示的荷花品种资源遗传多样性比较丰富;参试材料之间的遗传相似系数为0.1579~1,平均0.5448。表明参试材料包含了遗传差异大的材料,也有遗传差异较小的材料,遗传多样性较为丰富;聚类分析表明:参试材料被分为10个类群,聚类结果与种源、瓣型、株型关联明显,与花色关联不明显。‘铁岭-001’独聚一类;热带莲及其杂交品种聚在中国莲种系中,其中的部分品种独聚在一亚支;籽莲系列聚在中国莲内,但与花莲聚在不同亚支;来源于日本的‘SN-001’单独聚为一类,与中国莲聚在不同亚支;‘美洲莲’独聚一类。(3)利用20对EST-SSR引物检测到79个等位基因,平均基因多样性指数0.5696,多态性信息含量在0.3518~0.4921之间,平均0.4921。表明EST-SSR标记所揭示的荷花品种资源遗传多样性较为丰富;参试材料之间的遗传相似系数为0.1633~1,平均0.529。表明参试材料包含了遗传差异大的材料,也有遗传差异较小的材料,遗传多样性较为丰富;聚类分析表明:参试材料被分为10个类群,聚类结果与种源、瓣型、株型关联明显,与花色关联不明显。‘美洲莲’与中国莲各聚为一支,部分中美杂交莲被聚到中国莲中,又有部分中美杂交莲独为一支,表明美洲莲与中国莲遗传差异很大,其余材料聚类未发现明显规律。(4)利用20对SSR引物检测到88个等位基因,平均基因多样性指数0.5872;多态性信息含量在0.0982~0.7645之间,平均0.5235。表明SSR标记所揭示的荷花品种资源遗传多样性丰富;参试材料之间的遗传相似系数为0.2456~0.9535,平均0.5048。表明参试材料遗传多样性较为丰富;聚类分析表明:大部分瓣型、株型、种源相同聚为一类,但也有少部分聚到了不同类型的类群中,表明聚类结果与瓣型、株型、种源关联较大。‘美洲莲’与部分中美杂交莲聚为一支,部分中美杂交莲又被划分到中国莲类群;‘粉红凌霄’来自泰国,属热带莲,‘粉红凌霄’在此聚类系统中,被单独聚为一类;籽莲系列聚在中国莲内,但与花莲有明显的区分。(5)合并InDel、EST-SSR、SSR 3种标记的分子数据,分别对3种标记的遗传相似系数进行相关性分析,InDel和EST-SSR之间的相似系数为0.3941,EST-SSR和SSR之间的相似系数为0.4937,InDel和SSR之间的相似系数为0.3847,3个标记间的相关性都较差。合并的InDel、EST-SSR和SSR标记数据分别与InDel、EST-SSR、SSR之间的相似系数矩阵的相关系数分别为0.7662、0.7894、0.7967。合并数据与3种标记间相关性较好,其相关性大小顺序为SSR>EST-SSR>InDel。合并数据聚类分析表明:大部分某一表型相同材料可以被聚在一起,有少部分被聚类在不同表型类群中。‘美洲莲’被单独聚为一类;部分中美杂交莲聚为一类,部分中美杂交莲聚到了中国莲中,‘粉红凌霄’其与中国莲聚在一类,又独立成一亚支,‘SN-001’与中国莲聚在了一起,又独为一亚支,籽莲系列聚在中国莲内,但与花莲有明显的区分。(6)综合比较4个类型标记的聚类分析及遗传多样性分析结果,得出4个类型标记的检测结果的效率为:结合3个类型标记>SSR>EST-SSR>InDel。