面对当今社会，科学发展的综合化、社会问题的复杂化、社会对人才需求呈现的多样化和复合化趋势，跨学科已然成为了时代的重要议题。高等学校作为知识生产、传播和应用的重要基地，如何在“跨学科时代”中继续有效地发挥其应有的作用，成为当前面临的重要问题。本文要解决的核心问题就是高等学校如何在宏观层面上系统地管理跨学科组织。 本文从学科与跨学科的关系以及跨学科的理论和实践出发，通过系统考察学科和跨学科的概念，学科和跨学科的发展历程，以及国内外高等学校跨学科组织的管理现状，总结出了高等学校跨学科组织运行及其管理中存在的六大问题。通过对国外高校跨学科组织管理实践个案的考察，总结了国外高等学校成功开展跨学科活动的经验。在分析问题和总结经验的基础上，运用管理理论、组织理论和系统理论，分别从功能维度和过程维度探讨了高等学校跨学科组织的管理，最终将此两个维度融合，构建出基于功能—过程二维的高等学校跨学科组织系统管理模型。 高等学校对跨学科组织的管理仍处在不断探索和实践的阶段。本文希望通过对高校跨学科组织的系统管理模式的研究，为高等学校管理跨学科组织提供一些建设性的意见和参考。